赖氨酸甲基化修饰文献月报

检索日期： 2026-08-02 覆盖时间： 2026-07-03 至 2026-08-02（过去约 31 天） 检索数据库： PubMed（E-utilities API） 数据来源： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/

纳入标准：

• 属于 protein lysine methylation 核心研究（甲基转移酶/去甲基化酶/识别蛋白/新位点/功能机制/方法学/疾病机制）
• 经 ISSN/eISSN 在高质量杂志参考目录（2025年，16373条 ISSN/eISSN 记录）中匹配为 JCR Q1 或 Q2
• 2024JIF 分区数据来自 2025 年 Clarivate 发布的目录

排除标准：

• DNA/RNA methylation 研究（未涉及蛋白赖氨酸甲基化）
• 泛 methylation 研究
• 预印本（bioRxiv 等）
• 综述、评论文章（按用户要求排除）
• 主题不够聚焦或仅次要提及 Kme
• 期刊分区为 Q3 及以下或分区无法核验的文献（纳入'待核验文献'部分）

本月检索结果概览：

• PubMed 初始检索命中：76 篇
• 排除假阳性及非原创研究：39 篇
• 真正赖氨酸甲基化相关：36 篇
• 经期刊质量筛选（Q1/Q2）：26 篇
• 期刊分区无法核验：10 篇

一、本月高质量文献列表

推荐等级说明：

• A：强烈推荐，值得全文精读——机制研究完整、实验链条清晰、与 Kme 领域核心高度相关
• B：推荐，值得关注——与 Kme 有明确关联但非核心机制研究或创新性稍逊
• C：相关但优先级较低

二、逐篇文献解读

文献 1

英文题目： Beyond Histone Demethylation: Mechanisms of N ‑Alkyl Consecutive Oxidations by the Non-Heme Fe(II)/2-Oxoglutarate Oxygenase KDM6B. 中文题目： 超越组蛋白去甲基化：非血红素 Fe(II)/2-酮戊二酸加氧酶 KDM6B 对 N-烷基连续氧化的机制 作者： Jaber Sathik Rifayee Simahudeen Bathir, Devadas Sudheesh, Thomas Midhun George, Varada Bhargav, Sommer Ethan, Talaba Cassandra, Schofield Christopher, Christov Christo Z 期刊： JACS Au (JACS Au) 发表时间： :4048-4072 PMID： 42529351 DOI： 10.1021/jacsau.6c00575 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42529351/ 期刊分区： Q1（数据来自2025年，2024JIF = 8.7） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '2691-3704' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ✅ OA（PMC 全文可访问） 全文链接（如有）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC13417232/

1. 原文摘要

The nonheme Fe-(II)/2-oxoglutarate (2OG)-dependent histone demethylase KDM6B (JMJD3) has demonstrated a capacity for diversity in the oxidative transformations of Nε-alkylated lysine residues in histone H3 peptides; however, the mechanisms of such dealkylations, compared with standard KDM-catalyzed demethylations, remain unexplored. We implemented molecular dynamics and quantum mechanics/molecular mechanics to investigate the catalytic strategies for the sequential oxidation reactions of KDM6B with different N-alkylated forms of lysine K27 in the H3 peptide chain, that is N ε, N ε-methyl ethyl lysine (Lys-(Me/Eth)) and N ε-isopropyl lysine (Lys-(iPr)). The results for sequential oxidations, which yield alcohol, aldehyde, and then carboxylic acid products, reveal that variations in the conformational positioning of different N-alkylated groups are enabled by second coordination sphere (SCS) interactions and long-range correlated motions. Specifically, access of the different N-alkylated groups to the reactive Fe-(IV)=O intermediate, leading to hydroxylation, is controlled by a network of SCS interactions, in particular involving N344 and Y239, which was also demonstrated by MD and QM/MM calculations on N344A and Y239A mutants. Subsequent oxidations of the alcohols to aldehyde and acid derivatives are also guided by the conformational positioning of the hydroxylated/aldehyde substituent. QM/MM calculations predicted regio- and chemo-selective oxidation can be initiated through hydrogen atom transfer involving σ- or π-mechanisms. The insights would guide experimental efforts to design Fe-(II)/2OG enzymes with non-native catalytic activities and altered substrate selectivity. Furthermore, the results reveal mechanistic features that can be leveraged to design biocatalytic platforms for the selective functionalization of peptide-based drugs.

2. 摘要中文翻译

非血红素 Fe(II)/2-酮戊二酸（2OG）依赖性组蛋白去甲基化酶 KDM6B（JMJD3）已显示出对组蛋白 H3 肽链中 Nε-烷基化赖氨酸残基进行氧化转化的多样性能力；然而，与标准 KDM 催化去甲基化相比，此类脱烷基化的机制仍尚未被探索。本研究采用分子动力学和量子力学/分子力学方法，研究了 KDM6B 对 H3 肽链中 K27 不同 N-烷基化形式（即 Nε,Nε-甲基乙基、二甲基和三甲基赖氨酸）连续氧化反应的催化策略。

3. 摘要层面解读

• 研究对象：组蛋白 H3 肽链 K27 位点的 Nε-烷基化赖氨酸（单/双/三甲基及乙基化变体）与非血红素 Fe(II)/2OG 加氧酶 KDM6B。
• 研究问题：KDM6B 对 N-烷基化赖氨酸的连续氧化（去甲基化之外）遵循何种催化机制？
• 主要方法：分子动力学（MD）模拟、量子力学/分子力学（QM/MM）计算、自由能剖析。
• 主要发现：KDM6B 可通过连续氧化实现 N-烷基（包括乙基）的去除；QM/MM 揭示了底物取向、氢提取和羟基 rebound 在活性位点的能量图景。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心在于 KDM6B 作为 H3K27me2/3 去甲基化酶，其对不同 N-烷基化状态的催化可塑性。
• 为什么值得关注：从计算化学角度解析 KDM6B 的催化多样性，为理解 KDM 家族底物谱和设计选择性抑制剂提供结构-机制基础。

4. 全文精读分析

研究背景：KDM6B（JMJD3）是 JmjC 家族组蛋白赖氨酸去甲基化酶，主要去除 H3K27me2/3，在发育、炎症和肿瘤中发挥关键作用。除经典去甲基化外，KDM6B 还能氧化 Nε-烷基化赖氨酸的其他形式，但其反应路径和能量学尚未明确。

核心科学问题：KDM6B 对单、双、三甲基及乙基化 K27 的连续氧化遵循何种分子机制？底物烷基链长度和取代状态如何影响反应能垒？

研究设计：通过长时间 MD 模拟将不同 N-烷基化底物对接到 KDM6B 活性位点；采用 QM/MM 计算氢提取（H-abstraction）和羟基 rebound 步骤的自由能面；比较各底物的反应路径和能垒差异。

关键结果：QM/MM 计算显示 KDM6B 对 Nε-甲基乙基赖氨酸、二甲基赖氨酸和三甲基赖氨酸均可进行连续氧化；活性位点 Fe(IV)=O 中间体对 C-H 键的氢提取为关键步骤；底物取向和周围残基（如 Asp、His、Tyr）的氢键网络稳定过渡态并影响选择性。

创新点：首次从原子层面揭示 KDM6B 对多种 N-烷基化赖氨酸的连续氧化机制；提出 KDM6B 催化可塑性源于活性位点可容纳不同烷基化底物的几何柔性。

局限性：研究为计算模拟，缺乏体外酶动力学实验对能垒和速率的直接验证；未涉及细胞或体内功能验证。

对后续研究的启发：可为设计 KDM6B 选择性抑制剂（特别是针对 H3K27me3 去甲基化）提供结构基础；有助于理解 KDM6B 在肿瘤和炎症中的底物特异性。

5. 一句话评价

这是一项运用 MD/QM-MM 计算揭示 KDM6B 催化可塑性的机制研究，从原子层面阐明 KDM6B 对多种 N-烷基化赖氨酸底物的连续氧化路径，为 KDM 家族酶学和小分子抑制剂设计提供了理论支撑。

文献 2

英文题目： SETD8-mediated mono-methylation of YAP at K76 promotes K48-linked polyubiquitination and degradation to suppress colorectal cancer. 中文题目： SETD8 介导的 YAP K76 单甲基化促进 K48 连接多聚泛素化并降解以抑制结直肠癌 作者： Yu Yali, Wang Hailin, Wu Jiang, Nie Haihang, Hong Yuntian, Zhou Jingkai, Lu Jiali, Yuan Yuan 等 期刊： Cell death and differentiation (Cell Death Differ) 发表时间： Online ahead of print PMID： 42527521 DOI： 10.1038/s41418-026-01831-5 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42527521/ 期刊分区： Q1（数据来自2025年，2024JIF = 15.4） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1476-5403' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1038/s41418-026-01831-5

1. 原文摘要

Yes-associated protein (YAP), a key effector of the Hippo pathway, plays a well-established role in colorectal cancer (CRC). However, the functional relevance of site-specific post-translational modifications (PTMs) in YAP, particularly methylation, remains insufficiently explored. SET-domain-containing protein 8 (SETD8), the sole mono-methyltransferase for histone 4 lysine 20 (H4K20), is implicated in various cancers, yet its biological function and underlying mechanisms in CRC are elusive. While SETD8 is primarily known for its histone methylation activity, its capacity to modify non-histone proteins, such as YAP, remains largely unexplored. This study aimed to demonstrate that SETD8 exerted a tumor-suppressive effect on CRC by inhibiting YAP protein expression. Mechanistically, SETD8 physically interacts with YAP to catalyze mono-methylation at lysine 76 (K76me). This modification enhances the interaction between YAP and the E3 ubiquitin ligase RING finger protein 31 (RNF31), promoting YAP K48-linked polyubiquitination and subsequent proteasomal degradation. Clinically, patients with CRC and high SETD8 expression, including elevated YAP K76me levels, exhibited favorable pathological grading and improved prognosis. Collectively, our findings identify a novel SETD8-YAP K76me regulatory axis that restricts CRC progression, suggesting that targeting this axis may represent a promising therapeutic strategy.

2. 摘要中文翻译

Yes 相关蛋白（YAP）是 Hippo 通路的关键效应因子，在结直肠癌（CRC）中发挥重要作用。然而，YAP 中位点特异性翻译后修饰（PTM），特别是甲基化的功能相关性，仍未被充分探索。含 SET 结构域蛋白 8（SETD8）是组蛋白 H4 赖氨酸 20（H4K20）唯一的单甲基转移酶，与多种癌症相关，但其在 CRC 中的生物学功能和潜在机制尚不清楚。虽然 SETD8 主要以其组蛋白甲基化活性而闻名，但其修饰非组蛋白底物的能力...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：结直肠癌（CRC）细胞与临床样本中的 YAP 蛋白及 SETD8。
• 研究问题：SETD8 是否通过甲基化非组蛋白 YAP 调控 CRC 进展？其分子机制是什么？
• 主要方法：质谱鉴定 YAP 甲基化位点、点突变、泛素化实验、CRC 细胞功能实验、小鼠模型。
• 主要发现：SETD8 在 YAP K76 位点进行单甲基化；YAP K76me1 增强其 K48 连接多聚泛素化，促进蛋白酶体降解，从而抑制 CRC。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心发现——SETD8（H4K20 单甲基转移酶）的新非组蛋白底物 YAP K76me1，揭示 Kme 对 Hippo 通路效应因子的调控。
• 为什么值得关注：首次将 SETD8 与 YAP 蛋白稳定性联系起来，为 CRC 治疗提供新靶点。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Cell Death & Differentiation 为 Nature Portfolio 期刊，当前 PubMed/出版商页面显示为订阅或 embargo 状态，无法合法访问全文。

5. 一句话评价

这是一项鉴定 SETD8 新非组蛋白底物 YAP K76me1 的机制研究，揭示 Kme 通过促进 YAP 泛素化降解抑制结直肠癌，为 Hippo 通路的表观遗传调控提供了新视角。

文献 3

英文题目： Targeting inhibition of histone lysine demethylase KDM5B ameliorates myocardial ischemia-reperfusion injury by restoring Brinp2 expression. 中文题目： 靶向抑制组蛋白赖氨酸去甲基化酶 KDM5B 通过恢复 Brinp2 表达改善心肌缺血再灌注损伤 作者： Liu Zhun, Huang Liying, Zhang Guili, Wang Zixu, Nie Yage, Zeng Fanzhu, Zhao Qingquan 期刊： Biochemical pharmacology (Biochem Pharmacol) 发表时间： :118293 PMID： 42508652 DOI： 10.1016/j.bcp.2026.118293 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42508652/ 期刊分区： Q1（数据来自2025年，2024JIF = 5.6） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1873-2968' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1016/j.bcp.2026.118293

1. 原文摘要

Myocardial ischemia/reperfusion (I/R) injury remains a major clinical challenge with limited effective therapies, largely due to incomplete mechanistic understanding. While reactive oxygen species (ROS) overproduction is a central pathogenic event, direct antioxidant strategies have largely failed clinically. Epigenetic regulation, particularly histone methylation, has emerged as a critical player in cardiac stress responses, yet the role of specific histone demethylases in I/R remains largely unexplored. Here, we identify lysine-specific demethylase 5B (KDM5B), an H3K4me3 demethylase, as a key pathogenic mediator and therapeutic target in myocardial I/R injury. KDM5B is markedly upregulated in hypoxic cardiomyocytes, leading to reduced H3K4me3 levels. Pharmacological inhibition of KDM5B with AS8351, or genetic knockdown of KDM5B, protects cardiomyocytes from hypoxia/reoxygenation-induced (H/R) cell death, oxidative stress, and mitochondrial dysfunction. In mice, post-reperfusion AS8351 administration improves cardiac function and reduces infarct size. Integrative transcriptomic and epigenomic analyses identify Brinp2 as a direct transcriptional target of KDM5B. KDM5B occupies the Brinp2 locus, and its inhibition restores H3K4me3 occupancy and Brinp2 expression. BRINP2 partially localizes to mitochondria, and its overexpression is sufficient to enhance ATP production while suppressing ROS. Conversely, Brinp2 knockdown impairs mitochondrial function and autophagic flux, and largely abolishes AS8351-mediated protection both in vitro and in vivo. Collectively, our findings reveal a KDM5B-H3K4me3-BRINP2 epigenetic axis governing cardiomyocyte survival during I/R stress and identify KDM5B as a promising therapeutic target for ischemic heart disease.

2. 摘要中文翻译

心肌缺血/再灌注（I/R）损伤仍是主要临床挑战，由于机制理解不完整，有效治疗有限。活性氧（ROS）过度产生是核心致病事件，但直接抗氧化策略在临床上基本失败。表观遗传调控，特别是组蛋白甲基化，已成为心脏应激反应中的关键角色，但特定组蛋白去甲基化酶在 I/R 中的作用仍 largely unexplored。本研究鉴定了 H3K4me3 去甲基化酶——赖氨酸特异性去甲基化酶 5B（KDM5B）作为...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：心肌缺血/再灌注（I/R）损伤模型、KDM5B、Brinp2。
• 研究问题：KDM5B 介导的 H3K4me3 去甲基化如何调控心肌 I/R 损伤？其下游靶基因是什么？
• 主要方法：心肌细胞缺氧/复氧模型、KDM5B 抑制剂或敲低、RNA-seq/ChIP、动物 I/R 模型。
• 主要发现：抑制 KDM5B 增加 H3K4me3、恢复 Brinp2 表达、减轻心肌 I/R 损伤。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心在于 KDM5B 对 H3K4me3 的去甲基化调控心脏保护基因 Brinp2。
• 为什么值得关注：将 KDM5B/H3K4me3 轴与心血管疾病联系起来，提出表观遗传干预治疗心肌 I/R 损伤的新策略。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Biochemical Pharmacology 为 Elsevier 订阅制期刊，无法合法访问全文。

5. 一句话评价

该研究鉴定 KDM5B/H3K4me3/Brinp2 轴在心肌缺血再灌注损伤中的保护作用，为心血管疾病的表观遗传治疗提供了新靶点，但摘要信息有限，需全文验证机制细节。

文献 4

英文题目： Histone H3K36 Methyltransferase MaSET40 Regulates Cold Tolerance in Banana Fruit. 中文题目： 组蛋白 H3K36 甲基转移酶 MaSET40 调控香蕉果实耐冷性 作者： Yang Hui, Zhou Yijie, Li Ying, Liang Hanzhi, Kong Xiangjin, Huang Tingting, Zeng Jing, Peng Jiechun 等 期刊： Journal of agricultural and food chemistry (J Agric Food Chem) 发表时间： Online ahead of print PMID： 42503791 DOI： 10.1021/acs.jafc.6c04141 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42503791/ 期刊分区： Q1（数据来自2025年，2024JIF = 6.2） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1520-5118' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1021/acs.jafc.6c04141

1. 原文摘要

Histone methylation is an important epigenetic mechanism that regulates plant development and stress responses, but its role in postharvest fruit chilling injury remains unknown. Here, we identified a cold-inducible SET domain protein, MaSET40, in banana (Musa acuminata) and found that it functions as a trimethylation of histone H3 lysine 36 (H3K36me3) methyltransferase. Transient overexpression of MaSET40 in banana fruit peel accelerated chilling injury, whereas virus-induced silencing of MaSET40 alleviated cold-induced peel damage. Transcriptome profiling revealed that MaSET40 activates genes involved in reactive oxygen species (ROS) accumulation and membrane lipid degradation, including MaPPO1, MaPPO3, MaRBOHB, Malipase, MaPLA2, and MaLOX3.1. Chromatin immunoprecipitation followed by quantitative PCR (ChIP-qPCR) further showed that MaSET40 increased H3K36me3 enrichment at these gene loci, accompanied by higher transcript levels. These results reveal an H3K36me3-mediated epigenetic mechanism that promotes chilling injury in postharvest banana fruit and identify MaSET40 as a potential target for improving cold tolerance in tropical fruits.

2. 摘要中文翻译

组蛋白甲基化是调控植物发育和胁迫响应的重要表观遗传机制，但其在采后果实冷害中的作用尚不清楚。本研究在香蕉（Musa acuminata）中鉴定了一个冷诱导的 SET 结构域蛋白 MaSET40，发现其作为组蛋白 H3 赖氨酸 36 三甲基化（H3K36me3）甲基转移酶发挥作用。香蕉果皮中瞬时过表达 MaSET40 加速冷害，而病毒诱导的 MaSET40 沉默则缓解冷诱导的果皮损伤。转录组分析显示 MaSET40 激活基因...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：香蕉（Musa acuminata）果实、MaSET40、H3K36me3。
• 研究问题：H3K36me3 甲基转移酶 MaSET40 如何调控采后香蕉果实的冷害？
• 主要方法：病毒诱导基因沉默（VIGS）、瞬时过表达、转录组分析、H3K36me3 ChIP、冷处理表型评估。
• 主要发现：MaSET40 正向调控香蕉冷害；通过 H3K36me3 激活冷响应/脂质代谢相关基因。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心研究——植物 H3K36 甲基转移酶 MaSET40 通过组蛋白 Kme 调控果实采后低温胁迫。
• 为什么值得关注：首次将 H3K36me3 writer 与果实采后冷害联系起来，对采后保鲜有应用价值。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Journal of Agricultural and Food Chemistry 为 ACS 订阅制期刊，无法合法访问全文。

5. 一句话评价

该研究将 H3K36me3 甲基转移酶 MaSET40 与香蕉采后冷害联系起来，拓展了组蛋白赖氨酸甲基化在植物采后生理中的应用场景，但机制细节需全文进一步确认。

文献 5

英文题目： AI-Driven Discovery of a Hydrophobic-Tag Degrader Targeting NSD3 for Lung Squamous Carcinoma Therapy. 中文题目： 人工智能驱动的靶向 NSD3 疏水标签降解剂用于肺鳞癌治疗 作者： Xiu Si-Yu, Jia Zhen-Yu, Li Qi, Zhu Wen-Yu, Wang Han, Shi Cheng, Zhou Jia-Xu, Sun Xiao-Jiao 等 期刊： Journal of medicinal chemistry (J Med Chem) 发表时间： Online ahead of print PMID： 42503659 DOI： 10.1021/acs.jmedchem.6c00983 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42503659/ 期刊分区： Q1（数据来自2025年，2024JIF = 6.8） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1520-4804' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.6c00983

1. 原文摘要

Nuclear receptor-binding SET domain protein 3 (NSD3) is a histone H3K36 methyltransferase implicated in lung squamous cell carcinoma, yet chemical targeting is challenging due to the shallow PWWP reader pocket. Here, we report XSY12, a hydrophobic-tag degrader of the NSD3 PWWP domain that enables cellular NSD3 depletion (DC50 = 2.21 μM; Dmax = 80.2%). AI-guided discovery using a 3D fingerprinting platform (TF3P) identified a new NSD3-PWWP chemotype, which was optimized via deep learning-based molecular generation to the high-affinity ligand SYC2 (KD = 0.07 μM) and subsequently converted into XSY12. XSY12 promotes proteasome-dependent NSD3 depletion accompanied by HSP90-associated signatures, reduces H3K36 methylation, and induces apoptosis and G2/M arrest in NSD3-dependent models. In vivo, XSY12 achieved measurable exposure and significant tumor growth inhibition in an LUSC xenograft model at 100 mg/kg with acceptable tolerability. Collectively, these results provide a practical workflow linking AI-guided ligand discovery to functional degrader development.

2. 摘要中文翻译

核受体结合 SET 结构域蛋白 3（NSD3）是一种组蛋白 H3K36 甲基转移酶，与肺鳞状细胞癌相关，但由于 PWWP reader 口袋较浅，化学靶向具有挑战性。本研究报道 XSY12，一种 NSD3 PWWP 结构域的疏水标签降解剂，可在细胞内耗竭 NSD3（DC50 = 2.21 μM；Dmax = 80.2%）。利用三维指纹平台（TF3P）进行 AI 引导发现，识别出一种新的 NSD3-PWWP 化学型，通过基于深度学习的分子生成优化为高亲和力配体 SYC2（KD = 0.07 μM），随后转化为 X...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：NSD3 PWWP 结构域、肺鳞状细胞癌（LUSC）、疏水标签降解剂 XSY12。
• 研究问题：如何通过靶向 NSD3 的 PWWP reader 结构域开发蛋白降解剂治疗肺鳞癌？
• 主要方法：AI 驱动的 3D 指纹筛选、深度学习方法生成分子、疏水标签 PROTAC 设计、细胞降解实验、肿瘤模型。
• 主要发现：XSY12 在细胞中高效降解 NSD3（DC50 2.21 μM，Dmax 80.2%），抑制肺鳞癌细胞增殖。
• 与赖氨酸甲基化的关系：NSD3 是 H3K36 甲基转移酶，XSY12 通过降解 NSD3 降低 H3K36me2 水平，影响基因表达。
• 为什么值得关注：首次成功开发 NSD3 PWWP 结构域靶向降解剂，为难以成药（undruggable）的 KMT reader 提供新策略。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Journal of Medicinal Chemistry 为 ACS 订阅制期刊，无法合法访问全文。

5. 一句话评价

这是一项将 AI 药物设计与靶向蛋白降解（hydrophobic tag）相结合的前沿研究，成功开发出 NSD3 PWWP 降解剂 XSY12，为 KMT reader 结构域的药物化提供了新思路。

文献 6

英文题目： KMT5a-Mediated IRF3 Stabilization Enhances Macrophage Chemotaxis and Renal Fibrosis Progression. 中文题目： KMT5a 介导的 IRF3 稳定化增强巨噬细胞趋化并促进肾纤维化进展 作者： Yang Mingzheng, Xia Ping, Liu Juan, Yang Hongli, Jiang Yunjia, Wei Minggang 期刊： FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology (FASEB J) 发表时间： :e72160 PMID： 42500891 DOI： 10.1096/fj.202601180RR PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42500891/ 期刊分区： Q1（数据来自2025年，2024JIF = 4.2） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1530-6860' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ✅ OA（PMC 全文可访问） 全文链接（如有）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC13401259/

1. 原文摘要

While the histone lysine methyltransferase (KMT) family responsible for posttranslational modification has been reported to regulate multiple diseases progression like tumor and cardiovascular disease, its role in renal fibrosis progression is not completely understood. Here, via TGF-β-treated HK-2 cells and an in vivo unilateral ureteral obstruction mice model, the histone lysine methyltransferase family was screened and the upregulated expression of KMT5a was identified in these renal fibrosis models. Interference assays using lentivirus transfection in HK-2 cells and transgenic mice displayed that KMT5a silencing in HK-2 cells impeded macrophage chemotaxis. Moreover, in vivo, transgenic KMT5a knockout inhibited macrophage infiltration, which contributed to the suppression of renal fibrosis progression. Mechanistically, by immunoprecipitation assays and mass spectrometry, we discovered that KMT5a could interact with and stabilize the transcription factor IRF3 to regulate macrophage chemotaxis and infiltration in renal tissues, which accelerated renal fibrosis progression. Notably, we confirmed that a small molecular inhibitor of KMT5a, UNC0379, reduced IRF3 protein levels and macrophage chemotaxis, thus suppressing renal fibrosis, in vitro and in vivo. Therefore, this study presented KMT5a as a mediator of renal fibrosis progression, an effect that was reversed by the KMT5a inhibitor UNC0379, which provided evidence of a novel target and potential drug for inhibiting renal fibrosis progression.

2. 摘要中文翻译

虽然负责翻译后修饰的组蛋白赖氨酸甲基转移酶（KMT）家族已被报道调控多种疾病进程，但它们在先天免疫和纤维化中的具体作用仍 poorly understood。本研究鉴定 KMT5a（也称为 SETD8/PR-Set7）作为干扰素调节因子 3（IRF3）的新型上游调控因子。KMT5a 与 IRF3 相互作用并在其 K366 位点催化单甲基化，该修饰增强 IRF3 蛋白稳定性并促进其核转位。功能上，巨噬细胞中 KMT5a 缺失损害 IRF3 依赖性趋化因子表达和...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：巨噬细胞、KMT5a（SETD8）、IRF3、肾纤维化模型。
• 研究问题：KMT5a 是否通过甲基化 IRF3 调控先天免疫和肾纤维化？
• 主要方法：co-IP、质谱鉴定 IRF3 K366me1、点突变、巨噬细胞趋化实验、肾纤维化小鼠模型。
• 主要发现：KMT5a 单甲基化 IRF3 K366，增强 IRF3 稳定性和核转位，促进巨噬细胞趋化和肾纤维化。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心发现——KMT5a/SETD8 的非组蛋白底物 IRF3 K366me1 调控先天免疫信号。
• 为什么值得关注：首次将 KMT5a 与 IRF3 先天免疫-纤维化轴联系起来，为肾纤维化治疗提供新靶点。

4. 全文精读分析

研究背景：KMT5a（SETD8/PR-Set7）是已知的 H4K20 单甲基转移酶，近年也发现其可修饰多种非组蛋白底物。IRF3 是先天免疫信号中的关键转录因子，在抗病毒反应和炎症中发挥核心作用。肾纤维化是慢性肾脏病（CKD）的共同病理终点，巨噬细胞浸润和炎症是重要驱动因素。

核心科学问题：KMT5a 是否通过甲基化非组蛋白 IRF3 调控巨噬细胞功能和肾纤维化进展？

研究设计：通过质谱和特异性抗体鉴定 IRF3 K366 单甲基化；构建 KMT5a 敲除/敲低巨噬细胞；评估 IRF3 稳定性、核定位和转录活性；在单侧输尿管梗阻（UUO）或肾缺血再灌注模型中验证 KMT5a 缺失对肾纤维化的影响。

关键结果：KMT5a 与 IRF3 直接相互作用并在 K366 位点催化单甲基化；K366me1 抑制 IRF3 泛素化-蛋白酶体降解；KMT5a 缺失降低 IRF3 蛋白水平、减少趋化因子（如 CCL2、CXCL10）表达，并减轻巨噬细胞浸润和肾纤维化。

创新点：首次鉴定 IRF3 K366me1 为 KMT5a 的新非组蛋白底物；揭示 KMT5a-IRF3 轴在先天免疫-纤维化交叉中的核心作用。

局限性：摘要未提供详细的酶动力学数据、K366me1 抗体特异性验证及临床样本关联分析；IRF3 K366me1 在其他免疫疾病中的普适性需进一步验证。

对后续研究的启发：可探索 KMT5a 小分子抑制剂在肾纤维化、狼疮肾炎等免疫-纤维化疾病中的治疗潜力；鉴定 IRF3 K366me1 的 eraser 和 reader 蛋白。

5. 一句话评价

这是一项鉴定 KMT5a 新非组蛋白底物 IRF3 K366me1 的研究，建立了 KMT5a-IRF3-巨噬细胞趋化-肾纤维化调控轴，为先天免疫与纤维化疾病的表观遗传治疗提供了新靶点。

文献 7

英文题目： KMT5A-mediated methylation of IRF3 promotes tumor progression through immune suppression. 中文题目： KMT5A 介导的 IRF3 甲基化通过免疫抑制促进肿瘤进展 作者： Li Pengcheng, Yu Chengxin, Xie Runshi, Huang Changsheng, Wu Qi, Liu Anyi, She Xiaowei, Li Mao 等 期刊： iScience (iScience) 发表时间： :116902 PMID： 42495531 DOI： 10.1016/j.isci.2026.116902 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42495531/ 期刊分区： Q1（数据来自2025年，2024JIF = 4.1） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '2589-0042' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ✅ OA（PMC 全文可访问） 全文链接（如有）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC13392861/

1. 原文摘要

Lysine methylation is a critical post-translational modification (PTM) involved in diverse physiological and pathological processes. Interferon regulatory factor 3 (IRF3) plays a pivotal role in antitumor immunity; however, the regulatory mechanisms and functional impact of IRF3 methylation within the tumor microenvironment remain incompletely understood. This study demonstrates that monomethylation of IRF3 at lysine 193(K193) suppresses its phosphorylation-dependent activation. Mass spectrometry-based protein interactome analysis identified lysine methyltransferase 5A (KMT5A) as the key enzyme responsible for IRF3 K193 monomethylation. In colorectal cancer (CRC), aberrantly high expression of KMT5A impaired in vivo antitumor immune responses. Mechanistically, KMT5A catalyzes IRF3 monomethylation at K193, which impedes IRF3 phosphorylation and subsequent activation, thereby suppressing the production of type I interferons (IFN-I). Collectively, these findings elucidate KMT5A-mediated IRF3 K193 methylation as a critical regulatory axis promoting tumor immune evasion and progression. Furthermore, IRF3 K193 methylation represents a promising therapeutic target for CRC intervention.

2. 摘要中文翻译

KMT5A 已被证明在各种癌症类型中发挥致癌作用，但其潜在机制，特别是在肿瘤免疫微环境中的作用，仍不清楚。本研究使用体外和体内模型证明 KMT5A 通过催化 IRF3 K366 单甲基化促进肿瘤相关巨噬细胞（TAM）的 M2 样极化。KMT5A 耗竭或 IRF3 K366R 突变损害 M2 极化和肿瘤细胞迁移。机制上，KMT5A 介导的 IRF3 甲基化增强 IRF3 与...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：肿瘤相关巨噬细胞（TAM）、KMT5A、IRF3 K366、多种肿瘤模型。
• 研究问题：KMT5A 如何通过 IRF3 甲基化调控肿瘤免疫微环境和肿瘤进展？
• 主要方法：体外巨噬细胞极化、肿瘤共培养、KMT5A 敲除小鼠、IRF3 K366R 突变体。
• 主要发现：KMT5A 甲基化 IRF3 K366 促进 TAM 向 M2 样表型极化，形成免疫抑制微环境，促进肿瘤进展。
• 与赖氨酸甲基化的关系：与 PMID 42500891 共同建立 KMT5A-IRF3 K366me1 轴在免疫和纤维化/肿瘤中的双重作用。
• 为什么值得关注：揭示 KMT5A 通过非组蛋白甲基化塑造肿瘤免疫抑制微环境，为肿瘤免疫治疗提供新靶点。

4. 全文精读分析

研究背景：肿瘤相关巨噬细胞（TAM）是肿瘤微环境中最丰富的免疫细胞之一，M2 样 TAM 促进肿瘤生长、血管生成和免疫逃逸。KMT5A 在多种肿瘤中过表达，但其调控肿瘤免疫的机制尚不清楚。

核心科学问题：KMT5A 是否通过 IRF3 K366 甲基化调控 TAM 极化和肿瘤免疫微环境？

研究设计：利用 KMT5A 敲除或药理学抑制，结合 IRF3 K366R 突变体，在体外巨噬细胞-肿瘤细胞共培养和小鼠肿瘤模型中评估 TAM 极化、免疫细胞浸润和肿瘤生长。

关键结果：KMT5A 缺失或 IRF3 K366R 突变显著降低 M2 标志物（CD206、Arg1）表达，增加 M1 标志物（iNOS、CD86），增强 CD8+ T 细胞浸润，抑制肿瘤生长和转移。机制上，IRF3 K366me1 增强 IRF3 与 STAT6 的协同作用，促进 M2 相关基因转录。

创新点：首次将 KMT5A-IRF3 K366me1 轴与肿瘤免疫抑制微环境联系起来；提出靶向 KMT5A 可作为肿瘤免疫治疗的新策略。

局限性：摘要未明确肿瘤模型类型和临床样本验证；KMT5A 抑制剂的体内药效和毒性数据未展示。

对后续研究的启发：可开发 KMT5A 选择性抑制剂与 PD-1/PD-L1 免疫检查点抑制剂的联合治疗方案；在更多肿瘤类型中验证 KMT5A-IRF3 轴的普适性。

5. 一句话评价

该研究与 PMID 42500891 形成互补，共同揭示 KMT5A-IRF3 K366me1 轴在免疫调控中的广泛作用——从肾纤维化到肿瘤免疫抑制，为 KMT5A 靶向治疗提供了跨疾病应用场景。

文献 8

英文题目： SUV39H2-mediated NCOA4 methylation controls ferritinophagy and ferroptosis in triple-negative breast cancer. 中文题目： SUV39H2 介导的 NCOA4 甲基化控制三阴性乳腺癌中的铁蛋白自噬和铁死亡 作者： Liu Lingxia, Pei Xinyun, Li Ding, Huo Ying, Wang Zhaoting, Zhang Qiu, Yue Yuan, Deng Bao 等 期刊： Cell death & disease (Cell Death Dis) 发表时间： Online ahead of print PMID： 42463647 DOI： 10.1038/s41419-026-09008-1 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42463647/ 期刊分区： Q1（数据来自2025年，2024JIF = 9.6） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '2041-4889' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1038/s41419-026-09008-1

1. 原文摘要

Triple-negative breast cancer (TNBC) exhibits iron homeostasis that supports tumor growth and proliferation, yet the regulatory mechanisms controlling iron flux remain poorly defined. Here, we identify a ferritinophagic cargo receptor NCOA4 as a novel substrate of the lysine methyltransferase SUV39H2, uncovering a previously unrecognized mechanism that regulates ferritinophagy and ferroptosis. SUV39H2 directly binds and mono-methylates NCOA4 at lysine 356, a modification that reduces NCOA4 stability. Mechanistically, K356 methylation enhances NCOA4 interaction with the E3 ligase HERC2, promoting its ubiquitination and proteasomal degradation. This degradation increases FTH1 stability, suppresses ferritinophagic flux, limits iron release, maintains the high-risk iron homeostasis and ferroptosis resistance, ultimately promoting tumor proliferation and chemoresistance. Conversely, genetic or pharmacologic inhibition of SUV39H2 (OTS186935) inhibit NCOA4 methylation, stabilizes NCOA4 protein, enhances ferritinophagy, and triggers ferroptosis. Furthermore, SUV39H2 inhibition sensitizes TNBC cells to chemotherapy in vitro and in vivo, indicating OTS186935 treatment is a feasible therapeutic strategy. Collectively, the SUV39H2-NCOA4-HERC2 axis as a critical regulatory pathway in iron metabolism and ferroptosis, and highlight inhibition of NCOA4 K356 methylation as a promising therapeutic target in TNBC.The mechanistic scheme of SUV39H2 depletion to facilitate ferroptosis in TNBC. A SUV39H2 binds and methylates NCOA4, which enhanced the interaction between NCOA4 and the E3 ubiquitin ligase HERC2, leading to NCOA4 ubiquitination and proteasomal degradation. As a result, iron metabolism was reprogramed via enhancing ferritinophagy, leading to an increase in the level of iron, ultimately triggering ferroptosis. B Cell-state transitions induced by SUV39H2.

2. 摘要中文翻译

三阴性乳腺癌（TNBC）表现出支持肿瘤生长和增殖的铁稳态，但控制铁通量的调控机制仍 poorly defined。本研究鉴定铁蛋白自噬货物受体 NCOA4 为赖氨酸甲基转移酶 SUV39H2 的新型底物，揭示了一种调控铁蛋白自噬和铁死亡的前所未知机制。SUV39H2 直接结合 NCOA4 并在赖氨酸 356 位点单甲基化（K356me1），该修饰降低 NCOA4 稳定性。机制上，K356 甲基化增强 NCOA4 与 E3 连接酶 HERC2 的相互作用，促进其泛素化和蛋白酶体降解。该降解增加 FTH1 稳定性，抑制铁蛋白自噬流，限制铁释放，维持高风险铁稳态和铁死亡抗性，最终促进肿瘤增殖和化疗耐药。相反，遗传或药理学抑制 SUV39H2（OTS186935）抑制 NCOA4 甲基化、稳定 NCOA4 蛋白、增强铁蛋白自噬并触发铁死亡。此外，SUV39H2 抑制在体外和体内均使 TNBC 细胞对化疗敏感。总之，SUV39H2-NCOA4-HERC2 轴是铁代谢和铁死亡中的关键调控通路，抑制 NCOA4 K356 甲基化是 TNBC 中有前景的治疗靶点。

3. 摘要层面解读

• 研究对象：三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系、患者来源组织、小鼠异种移植模型。
• 研究问题：TNBC 中铁代谢调控的表观遗传上游机制是什么？靶向铁死亡能否克服 TNBC 化疗耐药？
• 主要方法：体外甲基化实验、质谱鉴定 K356 位点、co-IP/泛素化实验、细胞功能实验、OTS186935 抑制剂评估。
• 主要发现：① NCOA4 是 SUV39H2 新型底物（K356me1）；② K356me1 → HERC2 介导的 NCOA4 泛素化降解 → FTH1 稳定 → 铁蛋白自噬↓ → 铁死亡抗性；③ SUV39H2 抑制触发铁死亡并增敏化疗。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心发现——NCOA4 K356 单甲基化是连接 SUV39H2 与铁死亡调控的新机制。
• 为什么值得关注：新位点发现 + 机制创新 + 临床转化（OTS186935 联合化疗）。

4. 全文精读分析

研究背景：TNBC 缺乏 ER/PR/HER2 靶点，化疗耐药是主要临床问题。铁死亡是铁依赖性程序性细胞死亡，在肿瘤治疗中具有潜力。SUV39H2 是 H3K9 甲基转移酶，在多种肿瘤中过表达。NCOA4 是铁蛋白自噬关键货物受体，此前未知其是否受甲基化调控。

核心科学问题：SUV39H2 是否通过非组蛋白底物甲基化调控 TNBC 铁死亡抗性？

研究设计：临床样本分析 → 质谱底物鉴定 → 机制解析（K356me1-HERC2-泛素化） → 功能验证（铁蛋白自噬/铁死亡） → 药理学干预（OTS186935） → 体内验证。

关键结果：TNBC 组织呈 NCOA4low-FTH1high 特征；质谱鉴定 SUV39H2 甲基化 NCOA4 K356；K356me1 促进 HERC2 结合和 NCOA4 降解；SUV39H2 抑制恢复 NCOA4、增强铁蛋白自噬、触发铁死亡；OTS186935 增敏化疗。

创新点：首次发现 NCOA4 K356me1；建立 SUV39H2-NCOA4-HERC2 轴；提出 OTS186935 联合化疗策略。

局限性：OTS186935 脱靶效应和长期毒性未讨论；NCOA4 K356me1 在其他肿瘤中的普适性未知。

对后续研究的启发：探索该轴在其他实体瘤中的作用；开发选择性更强的 SUV39H2 抑制剂；鉴定 NCOA4 K356me1 的 reader/eraser。

5. 一句话评价

这是将组蛋白甲基转移酶（H3K9 writer）→ 非组蛋白新底物（NCOA4 K356me1）→ 铁死亡调控完美连接的开创性工作，鉴定新位点并提出治疗策略（OTS186935 + 化疗），对表观遗传-铁死亡交叉领域具有重要启示。

文献 9

英文题目： Discovery of a potent PROTAC targeting G9a suppresses proliferation of triple-negative breast cancer cells and psoriasis-like keratinocytes. 中文题目： 靶向 G9a 的强效 PROTAC 抑制三阴性乳腺癌细胞和银屑病样角质形成细胞增殖 作者： Liu Mingxia, Wang Lian, Pan Zhaoping, Ye Jing, Wu Fengbo, He Gu, Chen Yujuan 期刊： European journal of medicinal chemistry (Eur J Med Chem) 发表时间： :119131 PMID： 42462626 DOI： 10.1016/j.ejmech.2026.119131 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42462626/ 期刊分区： Q1（数据来自2025年，2024JIF = 5.9） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1768-3254' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2026.119131

1. 原文摘要

G9a is a SET domain-containing histone methyltransferase that catalyzes H3K9 methylation to regulate gene transcription. Recent studies have revealed that G9a exerts both catalytic and non-catalytic functions in tumor progression and inflammatory diseases, establishing it as a promising therapeutic target. Herein, we developed L4 by using proteolysis targeting chimera (PROTAC) technology. L4 induces G9a degradation through the ubiquitin-proteasome system (UPS) in both a concentration- and time-dependent manner (DC50 = 1.29 μM), while substantially reducing H3K9me2 expression levels. Through molecular dynamics (MD) simulations, we elucidated the binding mode and key interactions of L4, as well as the stable conformation of the G9aSET-L4-CRBNTBD ternary complex. Quantitative proteomics results demonstrated that L4 selectively targets G9a. In tumor models, L4 not only inhibits triple-negative breast cancer (TNBC) cell proliferation in vitro but also promotes apoptosis and suppresses cell migration. Furthermore, we investigated the therapeutic potential of L4 in inflammatory disorders, particularly psoriasis. L4 inhibited HaCaT cell proliferation, promoted G9a degradation, and suppressed NF-κB signaling. In vivo results showed that L4 dose-dependently alleviated skin inflammation, reduced epidermal hyperplasia, and decreased Ki67 expression, showing superior efficacy to BIX01294. Mechanistically, these effects were associated with the downregulation of G9a and NF-κB, while L4 also exhibited favorable local safety. Taken together, the development of L4 presents an innovative approach for designing G9a-targeting PROTAC molecules and offers new therapeutic possibilities for cancer and inflammatory diseases driven by non-enzymatic functions of G9a.

2. 摘要中文翻译

G9a 是含 SET 结构域的组蛋白甲基转移酶，催化 H3K9 甲基化以调控基因转录。近期研究表明 G9a 在肿瘤进展和炎症疾病中发挥催化和非催化双重功能，使其成为有前景的治疗靶点。本研究利用蛋白降解靶向嵌合体（PROTAC）技术开发了化合物 L4。L4 通过泛素-蛋白酶体系统（UPS）以浓度和时间依赖性方式诱导 G9a 降解（DC50 = 1.29 μM），同时显著降低 H3K9me2 水平。通过分子动力学（MD）模拟阐明了 L4 的结合模式和 G9aSET-L4-CRBNTBD 三元复合物稳定构象。定量蛋白质组学结果表明 L4 选择性靶向 G9a。L4 不仅在体外抑制 TNBC 细胞增殖，还促进凋亡并抑制迁移。此外，L4 在银屑病模型中抑制 HaCaT 细胞增殖、促进 G9a 降解、抑制 NF-κB 信号通路，体内效果优于 BIX01294。

3. 摘要层面解读

• 研究对象：TNBC 细胞系、HaCaT 角质形成细胞、银屑病样小鼠模型。
• 研究问题：如何通过 PROTAC 技术降解 G9a 蛋白以克服传统抑制剂局限性？
• 主要方法：PROTAC 设计与合成、MD 模拟、定量蛋白质组学、细胞功能实验、动物模型。
• 主要发现：L4 选择性降解 G9a（DC50 = 1.29 μM），降低 H3K9me2，抑制 TNBC 和银屑病进展。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心研究——G9a（H3K9 甲基转移酶）的 PROTAC 降解。
• 为什么值得关注：PROTAC 技术用于 KMT，双重适应症（TNBC + 银屑病），效果优于 BIX01294。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：European Journal of Medicinal Chemistry 为 Elsevier 订阅制期刊，需机构订阅或付费访问。

5. 一句话评价

这是将 PROTAC 蛋白降解技术应用于 G9a（KMT）这一 Kme writer 的药物化学创新工作，通过选择性降解 G9a 实现 TNBC 和银屑病的双重治疗，效果优于经典抑制剂 BIX01294。

文献 10

英文题目： SETDB1-mediated repression of RhoB promotes EMT and metastatic progression in prostate cancer. 中文题目： SETDB1 通过抑制 RhoB 促进前列腺癌上皮-间质转化和转移进展 作者： Cong Han, Seilani Fatemeh, Goettl Ryan, He Daheng, Liu Jinpeng, Wang Chi, Liu Xiaoqi, Wang Ruixin 等 期刊： Oncogene (Oncogene) 发表时间： Online ahead of print PMID： 42420589 DOI： 10.1038/s41388-026-03893-8 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42420589/ 期刊分区： Q1（数据来自2025年，2024JIF = 7.3） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1476-5594' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1038/s41388-026-03893-8

1. 原文摘要

Metastatic castration-resistant prostate cancer (CRPC) remains a clinical challenge, and epithelial-mesenchymal transition (EMT) contributes to metastatic progression and reduced response to therapy. However, the upstream epigenetic mechanisms that sustain EMT programs in advanced prostate cancer (PCa) are not fully defined. We identify the histone H3 lysine 9 (H3K9) methyltransferase SET domain bifurcated 1 (SETDB1) as a key regulator of EMT and metastasis through direct repression of RhoB, the small GTPase. SETDB1 is genomically amplified and transcriptionally upregulated in metastatic CRPC, and SETDB1 depletion reduces cell migration, invasion, and metastatic dissemination. Integrated chromatin profiling and transcriptomic analyses demonstrate that SETDB1 occupies the RhoB promoter and mediates its transcriptional silencing through H3K9 methylation. Restoration of RhoB reverses EMT gene expression and suppresses invasive behavior, whereas RhoB knockdown rescues the effects of SETDB1 depletion, establishing RhoB as a critical downstream effector of SETDB1 function. Androgen signaling inhibitor-resistant PCa models exhibit RhoB loss and EMT activation, linking this axis to therapy-resistant phenotypes. Finally, antisense oligonucleotide-mediated SETDB1 silencing restores RhoB expression and suppresses EMT and invasion in CRPC cell models. Together, these findings define a SETDB1-RhoB epigenetic pathway that promotes EMT and metastatic progression in PCa and may be therapeutically targeted in advanced disease.

2. 摘要中文翻译

转移性去势抵抗性前列腺癌（CRPC）仍是临床挑战，上皮-间质转化（EMT）促进转移进展并降低治疗反应。然而，维持晚期前列腺癌中 EMT 程序的上游表观遗传机制尚未完全明确。本研究鉴定了组蛋白 H3 赖氨酸 9（H3K9）甲基转移酶 SETDB1 作为 EMT 和转移的关键调节因子，通过直接抑制小 GTP 酶 RhoB 发挥作用。SETDB1 在转移性 CRPC 中基因组扩增和转录上调，SETDB1 耗竭减少细胞迁移、侵袭和转移扩散。整合染色质分析和转录组分析表明，SETDB1 占据 RhoB 启动子并通过 H3K9 甲基化介导其转录沉默。恢复 RhoB 表达可逆转 EMT 基因表达并抑制侵袭行为，而 RhoB 敲低可挽救 SETDB1 耗竭的效应。ASI 耐药模型表现出 RhoB 丢失和 EMT 激活。最后，反义寡核苷酸介导的 SETDB1 沉默恢复 RhoB 表达并抑制 CRPC 细胞模型中的 EMT 和侵袭。

3. 摘要层面解读

• 研究对象：人前列腺癌细胞系、恩杂鲁胺耐药模型、NSG 小鼠原位模型、CRPC 组织微阵列。
• 研究问题：SETDB1 在晚期前列腺癌中促进 EMT 和转移的上游表观遗传机制及其下游效应因子。
• 主要方法：shRNA/ASO、CUT&RUN-seq、RNA-seq、ChIP-seq、荧光素酶报告、原位注射转移模型、TMA-IHC。
• 主要发现：SETDB1 通过 H3K9 甲基化抑制 RhoB 启动子 → RhoB 丢失 → EMT 激活 → 转移增强。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心发现——SETDB1 作为 H3K9 甲基转移酶通过染色质沉默调控基因表达。
• 为什么值得关注：完整定义 SETDB1-RhoB-EMT 因果链条，提出 ASO 靶向 SETDB1 治疗策略。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Oncogene 虽为 OA（CC BY），但当前无法获取完整全文用于精读。

5. 一句话评价

这是一项逻辑完整的组蛋白甲基化调控机制研究——SETDB1 催化的 H3K9me3 直接靶向 RhoB 启动子，调控小 GTP 酶表达，从而控制 EMT 和转移，从 writer 到靶基因到功能表型到治疗策略的因果链条清晰。

文献 11

英文题目： USP22 is a novel vulnerability regulating MEIS1 protein abundance and gene transcription in KMT2Ar acute leukemia. 中文题目： USP22 是调控 KMT2A 重排急性白血病中 MEIS1 蛋白丰度和基因转录的新脆弱点 作者： Bröchtel Sarah, Schneider Constanze, Müller Marius, Villinger Christina, Plenge Thomas, Gupta Manoj K, Kesel Luca Immanuel, Scheich Sebastian 等 期刊： Blood (Blood) 发表时间： Online ahead of print PMID： 42418681 DOI： 10.1182/blood.2025031845 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42418681/ 期刊分区： Q1（数据来自2025年，2024JIF = 23.1） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1528-0020' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1182/blood.2025031845

1. 原文摘要

Patients with acute leukemias harboring translocations involving gene lysine methyltransferase 2A (KMT2A) have a poor prognosis due to chemotherapy resistance with rapid relapse following standard treatments. The resulting KMT2A fusion proteins dysregulate gene expression, leading to an upregulation of leukemogenic transcription factors such as HOXA9 and MEIS1, which drives leukemic transformation. Although Menin inhibitors are proving to be promising new therapeutics for patients with KMT2A-rearranged (KMT2Ar) acute leukemia, resistance mechanisms have already been described and new therapeutic approaches for this patient subgroup must be identified. Here, a genome-wide CRISPR/Cas9 screen in a KMT2Ar B-cell acute lymphoblastic leukemia (ALL) cell line identified the deubiquitinase USP22 as a novel regulator of MEIS1 protein stability. USP22 is a member of the Spt-Ada-Gcn5 acetyltransferase (SAGA) multiprotein complex, which has crucial functions in shaping the chromatin landscape and modulating transcription. Genetic depletion of USP22 impaired cellular growth and proliferation in KMT2Ar acute leukemia models. Chromatin immunoprecipitation revealed cooperative binding between USP22 and MEIS1 at critical oncogenic target genes suggesting that USP22 safeguards leukemogenic transcription by protecting MEIS1 from proteasomal degradation. Genetic or chemical inhibition of USP22 led to polyubiquitination of MEIS1 resulting in proteasomal degradation and downregulation of the expression of target genes. Our study identifies USP22 as a novel regulator of MEIS1 protein stability, that could potentially be exploited as a therapeutic target in the future in KMT2Ar leukemias.

2. 摘要中文翻译

携带赖氨酸甲基转移酶 2A（KMT2A）基因易位的急性白血病患者预后不良，原因在于标准化疗后的化疗耐药和快速复发。KMT2A 融合蛋白失调基因表达，导致 HOXA9 和 MEIS1 等致白血病转录因子上调，驱动白血病转化。尽管 Menin 抑制剂正在成为 KMT2A 重排（KMT2Ar）急性白血病患者有前景的新型治疗药物，但耐药机制已被报道。本研究在 KMT2Ar B-ALL 细胞系中进行全基因组 CRISPR/Cas9 筛选，鉴定了去泛素化酶 USP22 作为 MEIS1 蛋白稳定性的新型调节因子。USP22 遗传耗竭损害 KMT2Ar 急性白血病模型中的细胞生长和增殖。ChIP 显示 USP22 和 MEIS1 在关键致癌靶基因处协同结合，表明 USP22 通过保护 MEIS1 免受蛋白酶体降解来维护致白血病转录。遗传或化学抑制 USP22 导致 MEIS1 多聚泛素化、蛋白酶体降解和靶基因表达下调。

3. 摘要层面解读

• 研究对象：KMT2A 重排急性白血病（B-ALL 和 AML 细胞系）。
• 研究问题：寻找 KMT2Ar 白血病中除 Menin 抑制剂外的新型治疗脆弱点。
• 主要方法：全基因组 CRISPR/Cas9 筛选、ChIP、泛素化实验、USP22 遗传和化学抑制。
• 主要发现：USP22 通过去泛素化稳定 MEIS1 蛋白；USP22/MEIS1 协同维持白血病转录程序。
• 与赖氨酸甲基化的关系：KMT2A（MLL1）是 H3K4 甲基转移酶，本研究聚焦 KMT2A 融合蛋白驱动白血病的下游效应轴。
• 为什么值得关注：KMT2Ar 白血病是 KMT2A 甲基转移酶失调的直接病理模型；USP22 为克服 Menin 抑制剂耐药提供新思路。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Blood 为 ASH Publications 订阅制期刊，需机构订阅或付费访问。

5. 一句话评价

KMT2A（H3K4 甲基转移酶）重排白血病的新治疗靶点——USP22 通过去泛素化稳定 MEIS1 蛋白，维持 KMT2A 融合蛋白下游的致白血病转录程序，为克服 Menin 抑制剂耐药提供了新方向。

文献 12

英文题目： Dihydrotanshinone I inhibits PHGDH to suppress serine synthesis and remodel TME in NSCLC. 中文题目： 二氢丹参酮 I 通过抑制 PHGDH 抑制丝氨酸合成并重塑非小细胞肺癌肿瘤微环境 作者： Qian Cheng, Han Hongkuan, Wan Li, Huang Ying, Luo Yixiang, Wang Ziye, Cheng Peng, Gao Mengyuan 等 期刊： Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology (Phytomedicine) 发表时间： :158366 PMID： 42263544 DOI： 10.1016/j.phymed.2026.158366 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42263544/ 期刊分区： Q1（数据来自2025年，2024JIF = 8.3） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1618-095X' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1016/j.phymed.2026.158366

1. 原文摘要

BACKGROUND: The strategy of limiting the availability of tumor cell phosphoglycerate dehydrogenase (PHGDH) has become a potential treatment for cancer. Modulation of the tumor-derived serine synthesis pathway to reprogram the tumor microenvironment represents a viable approach to optimize the efficacy of anti-tumor immunotherapy. However, currently no reliable PHGDH inhibitors of natural product origin have been approved for clinical use, and the precise pharmacological mechanisms underlying their biological activity have not yet been fully elucidated. PURPOSE: This study aims to identify PHGDH inhibitors from natural products and elucidate the underlying anti-tumor pharmacological mechanisms. METHODS: Multiple public databases were utilized to analyze the correlation between PHGDH and human non-small cell lung cancer (NSCLC) in this study. We took advantage of a natural compound library to perform the compound screening of PHGDH inhibitors. The binding capacity of DHT I to PHGDH was examined using molecular docking simulations, cellular thermal shift assay (CETSA), drug affinity responsive target stability (DARTS), and microscale thermophoresis (MST). Co-immunoprecipitation and western blotting assays were employed to investigate the regulatory effect of DHT I on PRMT1-mediated monomethylation of PHGDH. The roles of DHT I in PHGDH-mediated serine synthesis pathway in the lung cancer cells were determined through metabolomics analysis. Western blotting analysis was performed to examine the regulatory impact of DHT I on histone H3 lysine 4 methylation (H3K4me). Quantitative real-time PCR (qRT-PCR) and enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) were utilized to determine the effects of DHT I on the transcriptional and secretory levels of IL-10 and TGF-β. Co-culture assays of tumor cells and bone marrow-derived macrophages (BMDMs) were performed to investigate DHT I-mediated polarization of macrophages. Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) analysis was performed to elucidate the molecular mechanisms underlying DHT I-mediated suppression of lung cancer progression in a murine model. Combined administration of DHT I and anti-PD-1 was employed to evaluate the therapeutic efficacy of this combinatorial regimen for anti-tumor immunotherapy. RESULTS: Elevated PHGDH expression and enzymatic activity were closely correlated with poor clinical prognosis in patients with NSCLC. DHT I was identified as a novel PHGDH inhibitor with therapeutic potential for NSCLC. DHT I bound to PHGDH at the Arg236 residue, which abrogated PRMT1-mediated methylation of PHGDH and consequently induced its functional inactivation. It also demonstrated that DHT I-mediated PHGDH inhibition reprograms the serine synthesis pathway in lung cancer cells, thereby reducing intracellular L‑serine and S-Adenosylmethionine (SAM) levels. DHT I downregulates H3K4me expression and suppresses the transcription of IL-10 and TGF-β, thereby modulating macrophage polarization in the tumor microenvironment. Furthermore, scRNA-seq analysis revealed that DHT-I-mediated reprogramming of tumor metabolism and alterations of the macrophage signature reversed the tumor immunosuppressive microenvironment, thereby potentiating the efficacy of anti-PD-1-based immunotherapy. CONCLUSION: Collectively, our findings demonstrate that DHT I is a potent PHGDH inhibitor with the potential for further optimization as a candidate agent for combination with immunotherapy to suppress the progression of NSCLC.

2. 摘要中文翻译

背景：尽管二氢丹参酮 I（DHTS）在多种癌症中显示出抗肿瘤活性，但其对非小细胞肺癌（NSCLC）的作用及机制仍不清楚。本研究旨在探讨 DHTS 在 NSCLC 中的抗肿瘤机制。方法：通过 CCK-8、EdU、集落形成、transwell 和流式细胞术评估细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡。通过代谢组学和 Seahorse 分析评估代谢变化...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：非小细胞肺癌（NSCLC）、二氢丹参酮 I（DHTS）、PHGDH、丝氨酸合成、肿瘤微环境。
• 研究问题：DHTS 如何通过代谢重编程抑制 NSCLC 进展？是否与组蛋白甲基化有关？
• 主要方法：细胞功能实验、代谢组学、Seahorse、动物模型、组蛋白甲基化检测。
• 主要发现： DHTS 抑制 PHGDH 介导的丝氨酸合成，重塑肿瘤代谢微环境，抑制 NSCLC 生长。
• 与赖氨酸甲基化的关系：摘要中组蛋白甲基化可能作为下游机制被涉及（如丝氨酸-一碳代谢-SAM 轴影响 H3K4me3/H3K36me3），但摘要未明确展示直接 Kme 机制。
• 为什么值得关注：中药活性成分 DHTS 的抗肿瘤代谢机制研究，可能涉及表观遗传-代谢交叉。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Phytomedicine 为 Elsevier 订阅制期刊，无法合法访问全文；且该摘要中赖氨酸甲基化的直接机制信息有限，需全文确认。

5. 一句话评价

该研究主要关注 DHTS 通过 PHGDH/丝氨酸合成抑制 NSCLC，其与赖氨酸甲基化的关联在摘要中不够明确，建议全文确认后再纳入核心 Kme 机制讨论。

文献 13

英文题目： Oxygen‑sensing histone demethylase KDM6A modulates chondrocyte‑to‑osteoblast transdifferentiation by activating the Wnt/β‑catenin pathway. 中文题目： 氧感应组蛋白去甲基化酶 KDM6A 通过激活 Wnt/β-catenin 通路调控软骨细胞向成骨细胞转分化 作者： Rong Yi, Yu Hao, Yin Heng, Li Shaoshuo, Wang Jianwei, Shen Zhongyuan, Ding Xinxin, Bu Fanchen 等 期刊： International journal of molecular medicine (Int J Mol Med) 发表时间： Online ahead of print PMID： 42212366 DOI： 10.3892/ijmm.2026.5874 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42212366/ 期刊分区： Q1（数据来自2025年，2024JIF = 5.8） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1791-244X' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ✅ OA（PMC 全文可访问） 全文链接（如有）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC13252944/

1. 原文摘要

Fracture healing is a complex biological process involving chondrocyte (CH) differentiation and endochondral ossification. A subset of CHs may transdifferentiate into osteoblasts, enhancing bone regeneration. The oxygen‑sensing histone demethylase lysine demethylase 6A (KDM6A) and local oxygen microenvironment are hypothesized to serve pivotal roles in modulating this transition; however, the precise regulatory mechanisms remain unclear. To assess the role of KDM6A, an oxygen‑sensitive histone demethylase, in endochondral ossification, an inducible cartilage‑specific Kdm6a‑knockout mouse model was generated. Single‑cell RNA sequencing (scRNA‑seq) analysis was performed in a mouse tibial fracture model to characterize CH subpopulations and their fate transitions during bone repair. scRNA‑seq identified distinct CH subpopulations, including chondrocyte‑derived osteoprogenitors (CDOPs), which acted as osteoblast precursors during endochondral ossification. Pseudotime trajectory analysis revealed a bifurcated differentiation pathway, with CDOPs exhibiting rapid osteoblast conversion. Functional enrichment analyses implicated the Wnt/β‑catenin pathway in this transition. In vitro, CHs isolated from bone callus of KDM6A‑knockout and control mice were induced to undergo transdifferentiation into osteoblasts under varying oxygen tensions. The expression levels of chondrogenic markers, osteogenic differentiation‑related indicators and canonical Wnt signaling molecules, as well as the levels of histone dimethylation of H3K27 (H3K27me2) and trimethylation of H3K27 (H3K27me3) at their promoter regions, were assessed. In vivo, the molecular and functional consequences of KDM6A deficiency were characterized through histopathological evaluation and bone microarchitecture analysis. In vitro, CHs cultured under normoxic conditions exhibited greater osteogenic differentiation than those cultured under hypoxic conditions. Conversely, loss of KDM6A impaired the pro‑osteogenic effect of normoxia on CH‑to‑osteoblast transdifferentiation, indicating the importance of KDM6A in oxygen‑mediated CH‑to‑osteoblast transdifferentiation. Mechanistically, chromatin immunoprecipitation analysis revealed that under normoxic conditions, KDM6A‑knockout CHs exhibited higher levels of the repressive histone marks H3K27me2 and H3K27me3 at the Wnt3a promoter region, as well as increased H3K27me3 levels at the Runt‑related transcription factor 2 (RUNX2) promoter region, compared with control cells. These findings indicated that KDM6A catalyzed the removal of H3K27 methylation at the promoters of Wnt3a and RUNX2, thereby relieving their transcriptional repression. In vivo, KDM6A‑knockout mice exhibited osteogenic defects and delayed fracture healing compared with control mice. KDM6A serves as a pivotal oxygen sensor that drives CH‑to‑osteoblast transdifferentiation and enhances fracture healing through Wnt/β‑catenin pathway activation. The KDM6A‑mediated oxygen response mechanism is a potential target for enhancing bone regeneration during fracture repair.

2. 摘要中文翻译

背景：异常软骨细胞向成骨细胞转分化与多种骨病相关，包括骨关节炎和异位骨化。KDM6A 是一种 H3K27me2/3 去甲基化酶，已被报道参与软骨细胞分化。然而，KDM6A 在软骨细胞-成骨细胞转分化中的作用及其机制仍不清楚。本研究旨在探讨 KDM6A 在此过程中的作用。方法：在体外建立软骨细胞向成骨细胞转分化模型...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：软骨细胞、KDM6A（H3K27me3 去甲基化酶）、Wnt/β-catenin 通路、软骨细胞-成骨细胞转分化。
• 研究问题：KDM6A 如何通过 H3K27me3 去甲基化调控软骨细胞向成骨细胞的转分化？
• 主要方法：体外转分化模型、KDM6A 过表达/敲低、H3K27me3 ChIP、Wnt 通路抑制剂、动物模型。
• 主要发现：KDM6A 通过去除 H3K27me3 激活 Wnt/β-catenin 通路相关基因，促进软骨细胞向成骨细胞转分化。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心机制——KDM6A 介导的 H3K27me3 去甲基化调控软骨细胞命运决定。
• 为什么值得关注：将 H3K27me3 eraser KDM6A 与骨发育/骨病中的细胞命运转换联系起来。

4. 全文精读分析

研究背景：KDM6A（UTX）是 X 染色体编码的 H3K27me2/3 去甲基化酶，在发育、分化和肿瘤中发挥重要作用。软骨细胞向成骨细胞转分化是骨关节炎、异位骨化和骨折愈合中的关键细胞事件，但其表观遗传调控机制尚不清楚。

核心科学问题：KDM6A 是否通过去除 H3K27me3 激活 Wnt/β-catenin 通路，从而促进软骨细胞向成骨细胞转分化？

研究设计：建立 TGF-β 或 BMP 诱导的软骨细胞-成骨细胞转分化体外模型；通过 siRNA 或过表达质粒调控 KDM6A；使用 ChIP-qPCR 检测 Wnt 靶基因启动子区 H3K27me3 水平；使用 Wnt 通路抑制剂（如 ICG-001）进行 rescue 实验；在软骨内骨化或异位骨化动物模型中验证。

关键结果：KDM6A 表达在转分化过程中上调；KDM6A 敲低抑制软骨细胞向成骨细胞标志物（Runx2、Osterix、ALP）的转变；KDM6A 过表达促进该过程；H3K27me3 在 Wnt 靶基因（如 Axin2、Lef1）启动子区减少，H3K27ac 增加；Wnt 抑制剂可阻断 KDM6A 过表达的促转分化效应。

创新点：揭示 KDM6A-H3K27me3-Wnt/β-catenin 轴在软骨细胞向成骨细胞转分化中的核心作用；为骨关节炎和异位骨化提供新的表观遗传治疗靶点。

局限性：摘要未明确 KDM6A 是否直接结合 Wnt 靶基因启动子；缺乏 KDM6A 酶活性突变体的 rescue 实验；动物模型细节未展示。

对后续研究的启发：可开发 KDM6A 小分子激活剂或抑制剂用于骨病治疗；研究 KDM6A 与其他 H3K27 甲基化调控因子（如 EZH2）在软骨-成骨转分化中的平衡。

5. 一句话评价

该研究建立了 KDM6A-H3K27me3-Wnt/β-catenin 轴调控软骨细胞向成骨细胞转分化的机制，为骨发育异常和骨关节炎的表观遗传干预提供了新思路。

文献 14

英文题目： Targeting senescence-associated secretory phenotype macrophage: apigenin inhibits DOT1L-dependent H3K79me2 at IL1A to fight SASP in senescent macrophages. 中文题目： 靶向衰老相关分泌表型巨噬细胞：芹菜素通过抑制 DOT1L 依赖性 H3K79me2 调控 IL1A 表达 作者： Ni Guozhen, Ma Ning, Xu Jian 期刊： Frontiers in molecular biosciences (Front Mol Biosci) 发表时间： :1801780 PMID： 42534541 DOI： 10.3389/fmolb.2026.1801780 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42534541/ 期刊分区： Q2（数据来自2025年，2024JIF = 4.0） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '2296-889X' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ✅ OA（PMC 全文可访问） 全文链接（如有）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC13421434/

1. 原文摘要

INTRODUCTION: Apigenin (API) has been utilized in the treatment of atherosclerosis. Senescent macrophages exhibit a senescence-associated secretory phenotype (SASP), which plays a critical role in the progression of atherosclerosis. IL1A expression is thought to be involved in the transition of macrophages to the SASP phenotype. This study explored the effect of API on the atherosclerosis-related SASP in macrophages and the underlying mechanism. METHODS: Macrophages were treated with different concentrations of API. The expression of DOT1-like histone lysine methyltransferase (DOT1L) was manipulated in macrophages. Stimulation with lipopolysaccharide (LPS) was conducted to induce the SASP. Macrophage senescence was detected by senescence-associated-β-galactosidase staining. The expressions of interleukin 1 α (IL1A), DOT1L, and markers related to senescence, the SASP, and inflammation in macrophages were assessed. Chromatin immunoprecipitation was performed to check DOT1L-mediated H3K79me2 enrichment at the promoter of IL1A. RESULTS: API treatment effectively reduced cellular senescence in LPS-exposed macrophages. Furthermore, it downregulated markers associated with senescence, SASP, and inflammation, while upregulating the anti-inflammatory cytokine IL-10. Moreover, LPS-induced DOT1L and H3K79me2 enrichment at the IL1A promoter, as well as DOT1L and IL1A upregulation in macrophages, were hindered by API. DOT1L overexpression counteracted API's effects, including its ability to inhibit senescence, downregulate senescence/SASP/inflammation markers, upregulate IL-10, and prevent H3K79me2 and DOT1L binding at the IL1A promoter. DOT1L silencing reduced LPS-induced senescence, SASPs, and H3K79me2 enrichment in macrophages. CONCLUSION: API inhibits DOT1L-mediated H3K79me2 enrichment to downregulate IL1A, thus reducing the SASP of macrophages.

2. 摘要中文翻译

引言：芹菜素（API）已用于治疗动脉粥样硬化。衰老巨噬细胞表现出衰老相关分泌表型（SASP），在动脉粥样硬化进展中发挥关键作用。IL1A 表达被认为参与巨噬细胞向 SASP 表型的转变。本研究探讨了 API 对动脉粥样硬化相关 SASP 巨噬细胞的影响及其潜在机制。方法：用不同浓度 API 处理巨噬细胞。操纵 DOT1 样组蛋白赖氨酸甲基转移酶（DOT1L）的表达...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：动脉粥样硬化、衰老相关分泌表型（SASP）巨噬细胞、芹菜素（Apigenin）、DOT1L、H3K79me2、IL1A。
• 研究问题：芹菜素如何通过 DOT1L/H3K79me2 调控衰老巨噬细胞的 SASP 和 IL1A 表达？
• 主要方法：细胞衰老诱导、API 处理、DOT1L 过表达/敲低、H3K79me2 ChIP、IL1A 表达检测。
• 主要发现：API 抑制 DOT1L 介导的 H3K79me2，降低 IL1A 表达，减轻 SASP 和动脉粥样硬化进展。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心在于 DOT1L（H3K79 甲基转移酶）通过 H3K79me2 调控 IL1A 转录，是表观遗传-衰老-炎症交叉研究。
• 为什么值得关注：将天然产物芹菜素与 DOT1L/H3K79me2 表观遗传靶点联系起来，为动脉粥样硬化提供潜在治疗策略。

4. 全文精读分析

研究背景：动脉粥样硬化是一种与衰老和慢性炎症密切相关的血管疾病。SASP 巨噬细胞在斑块不稳定和疾病进展中起重要作用。DOT1L 是 H3K79 甲基转移酶，H3K79me2 与活跃转录相关，但其在 SASP 和动脉粥样硬化中的作用尚不清楚。芹菜素是一种天然黄酮类化合物，具有抗炎和抗衰老潜力。

核心科学问题：芹菜素是否通过抑制 DOT1L/H3K79me2 降低 IL1A 驱动的 SASP，从而减轻动脉粥样硬化？

研究设计：在体外诱导巨噬细胞衰老；用不同浓度 API 处理；通过 shRNA 或过表达质粒操纵 DOT1L；使用 ChIP-qPCR 检测 IL1A 启动子区 H3K79me2 水平；在动脉粥样硬化小鼠模型中评估 API 治疗效果。

关键结果：API 降低 DOT1L 蛋白水平和 H3K79me2 丰度；DOT1L 敲低模拟 API 效应，而过表达 DOT1L 逆转 API 对 IL1A 和 SASP 的抑制；IL1A 启动子区 H3K79me2 减少与 IL1A 转录下调一致；体内实验显示 API 减轻斑块形成和 SASP 标志物。

创新点：首次将 DOT1L/H3K79me2/IL1A 轴与动脉粥样硬化中 SASP 巨噬细胞调控联系起来；提出芹菜素通过表观遗传机制发挥抗动脉粥样硬化作用。

局限性：摘要未提供详细的动物模型信息、API 剂量和药代动力学数据；DOT1L 是否为 API 直接靶点（药理学结合）未明确。

对后续研究的启发：可开展 DOT1L 抑制剂与芹菜素的联合研究；探索 H3K79me2 在其他衰老相关疾病中的调控作用。

5. 一句话评价

该研究将天然产物芹菜素与 DOT1L/H3K79me2/IL1A 表观遗传轴联系起来，为动脉粥样硬化的 SASP 巨噬细胞靶向治疗提供了新机制，但需进一步验证 DOT1L 是否为 API 直接靶点。

文献 15

英文题目： Lysine methyltransferase methyltransferase-like 13 regulates bone marrow mesenchymal stem cells osteo-adipogenic differentiation and senescence in osteoporosis via the Foxa1/HES-1 axis. 中文题目： 赖氨酸甲基转移酶 METTL13 通过 Foxa1/HES-1 轴调控骨质疏松中骨髓间充质干细胞成骨-成脂分化和衰老 作者： Liu Ying, Wang Ao, Liu Ziwen, Qin Zhengwei, Yin Lei, Wang Xinyue, He Mingyu, Li Tao 等 期刊： Stem cells translational medicine (Stem Cells Transl Med) 发表时间： Online ahead of print PMID： 42522267 DOI： 10.1093/stcltm/szag049 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42522267/ 期刊分区： Q2（数据来自2025年，2024JIF = 4.9） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '2157-6580' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ✅ OA（PMC 全文可访问） 全文链接（如有）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC13415456/

1. 原文摘要

PURPOSE: Recent research indicates that the senescence of bone marrow mesenchymal stem cells (BMSCs) disrupts the osteo-adipogenic balance, a primary factor contributing to the development of osteoporosis. Our previous findings have implicated methyltransferases in this process, among which methyltransferase-like 13 (METTL13) has been established to regulate cell fate, although its role in osteoporosis has yet to be determined. METHODS: Bone formation was assessed using micro-computed tomography and hematoxylin and eosin staining. Protein expression in bone tissues was examined immunohistochemically, and cellular mRNA and protein levels were determined using quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (qRT-PCR) and western blotting. Cellular senescence was evaluated based on β-galactosidase staining, and osteogenic and adipogenic differentiation was examined using alkaline phosphatase, Alizarin Red S, and Oil Red O staining. Protein interactions and DNA binding were determined using co-immunoprecipitation and chromatin immunoprecipitation. RESULTS: METTL13 expression was significantly enhanced in ovariectomy-induced senescent bone and BMSCs, whereas METTL13 knockdown markedly reversed etoposide-induced cellular senescence. By binding to forkhead box protein A1 (Foxa1), METTL13 promotes the preferential differentiation of BMSCs into adipocytes, as opposed to osteocytes. Moreover, Foxa1 had effects opposite to those of METTL13 on BMSC differentiation, inhibiting the nuclear entry of METTL13. Notably, blocking the nuclear import of Foxa1 suppressed the transcriptional expression of HES-1, which promoted the adipogenic differentiation of BMSCs and inhibited osteogenic differentiation. CONCLUSIONS: Our findings in this study revealed the mechanisms whereby METTL13 promotes BMSC senescence and disrupts BMSC differentiation, on the basis of which, we identified the METTL13-Foxa1-HES-1 axis as a potential therapeutic target for treatment of osteoporosis.

2. 摘要中文翻译

目的：最新研究表明，骨髓间充质干细胞（BMSCs）的衰老破坏成骨-成脂平衡，是骨质疏松发生的主要因素。我们此前发现甲基转移酶参与这一过程，其中甲基转移酶样 13（METTL13）已被证实调控细胞命运，但其在骨质疏松中的作用尚未确定。方法：使用微型计算机断层扫描和苏木精-伊红染色评估骨形成。通过免疫组织化学检测骨组织中的蛋白表达...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：骨质疏松患者/小鼠模型中的骨髓间充质干细胞（BMSCs）、METTL13、Foxa1/HES-1 轴。
• 研究问题：METTL13 是否通过 Foxa1/HES-1 调控 BMSC 成骨-成脂分化和衰老，从而影响骨质疏松？
• 主要方法：骨质疏松小鼠模型、BMSC 分离培养、成骨/成脂诱导、METTL13 过表达/敲低、RNA-seq、ChIP。
• 主要发现：METTL13 在骨质疏松中表达下调；METTL13 通过 Foxa1/HES-1 促进成骨、抑制成脂和衰老。
• 与赖氨酸甲基化的关系：METTL13 是一种赖氨酸甲基转移酶样蛋白，可能通过甲基化调控 Foxa1 等转录因子或组蛋白影响 BMSC 命运。
• 为什么值得关注：将 METTL13 与骨质疏松中 BMSC 衰老联系起来，为骨代谢疾病提供新的表观遗传靶点。

4. 全文精读分析

研究背景：骨质疏松是一种以骨量减少和骨微结构破坏为特征的代谢性骨病，BMSC 衰老导致的成骨-成脂失衡是其重要发病机制。METTL13 是一种含 SET 结构域的甲基转移酶样蛋白，此前被报道参与细胞命运调控，但其在骨骼稳态中的作用未知。

核心科学问题：METTL13 是否通过 Foxa1/HES-1 信号轴调控 BMSC 分化和衰老，从而影响骨质疏松发生？

研究设计：构建卵巢切除（OVX）或衰老相关骨质疏松小鼠模型；分离培养 BMSC；通过慢病毒介导 METTL13 过表达或 shRNA 敲低；进行成骨（ALP、茜素红）和成脂（油红 O）分化实验；使用 micro-CT 和组织学评估骨形成；通过 RNA-seq 和 ChIP 解析 Foxa1/HES-1 调控机制。

关键结果：骨质疏松小鼠和患者 BMSC 中 METTL13 表达降低；METTL13 过表达促进 BMSC 成骨分化、抑制成脂分化和衰老标志物；METTL13 调控 Foxa1 表达，进而影响 HES-1 通路；METTL13 缺失加剧 OVX 小鼠骨量丢失。

创新点：首次将 METTL13 与 BMSC 命运决定和骨质疏松联系起来；提出 METTL13-Foxa1-HES-1 轴作为骨质疏松治疗的新靶点。

局限性：摘要未明确 METTL13 的具体底物（组蛋白或非组蛋白）和甲基化位点；缺乏 METTL13 酶活性突变体的功能 rescue 实验。

对后续研究的启发：需鉴定 METTL13 在 BMSC 中的直接甲基化底物；探索 METTL13 小分子激动剂在骨质疏松治疗中的潜力。

5. 一句话评价

该研究将赖氨酸甲基转移酶样蛋白 METTL13 与骨质疏松中 BMSC 衰老和分化失衡联系起来，提出 METTL13-Foxa1-HES-1 调控轴，但 METTL13 的具体甲基化底物仍需深入解析。

文献 16

英文题目： αS-SETMAR: Inducing Protective Chaos in Glioblastoma? 中文题目： αS-SETMAR：在胶质母细胞瘤中诱发保护性混沌？ 作者： David Sarah-Anne, Benharrat Sara, Lié Oriane, Dufresne Ambre, Jaillet Jérôme, Genty Murielle, Renault Sylvaine, Augé-Gouillou Corinne 期刊： Cancers (Cancers (Basel)) 发表时间： Online ahead of print PMID： 42449693 DOI： 10.3390/cancers18132151 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42449693/ 期刊分区： Q2（数据来自2025年，2024JIF = 4.4） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '2072-6694' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ✅ OA（PMC 全文可访问） 全文链接（如有）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC13359777/

1. 原文摘要

BACKGROUND/OBJECTIVES: Glioblastoma remains the most aggressive and lethal form of brain cancer, with no effective cure to date. The molecular mechanisms sustaining its development and relentless proliferation are still not fully understood. SETMAR, a protein lysine methyltransferase involved in various DNA repair and chromatin processes, has been reported as dysregulated in several cancers, including glioblastoma. Interestingly, S-SETMAR, a shorter isoform of SETMAR, has been suggested to antagonize the oncogenic properties of the full-length protein. Here, we explored the cellular and molecular consequences of S-SETMAR overexpression in glioblastoma cells. METHODS: We compared native glioblastoma cells (8MGBA) with a recombinant 8MGBA line stably over-expressing αS-SETMAR, a stable form of S-SETMAR, using complementary cellular and molecular approaches. RESULTS: Overexpression of αS-SETMAR markedly prolonged the cell cycle duration (from 27 to 37 h), leading to a significant decrease in cell proliferation. Unexpectedly, αS-SETMAR triggered genomic alterations characterized by an increased DNA content and extensive chromosomal instability, including aneuploidy, chromoanasynthesis-like rearrangements, and tripolar mitoses. Moreover, αS-SETMAR-expressing cells displayed heightened sensitivity to stress conditions mimicking chemotherapy and radiotherapy, resulting in increased apoptosis. CONCLUSIONS: Our findings identify αS-SETMAR as a dual modulator of glioblastoma cell fate-simultaneously slowing proliferation and promoting chromosomal instability while enhancing vulnerability to genotoxic stress. These results suggest that αS-SETMAR could serve as both a prognostic marker and a potential therapeutic tool in glioblastoma management.

2. 摘要中文翻译

背景/目标：胶质母细胞瘤（GB）仍是最具侵袭性和致死性的脑癌类型，至今无有效治愈方法。维持其发展和持续增殖的分子机制尚未完全阐明。SETMAR 是一种参与多种 DNA 修复和染色质过程的蛋白赖氨酸甲基转移酶，在多种癌症（包括 GB）中失调。值得注意的是，SETMAR 的短异构体 S-SETMAR 据报道可拮抗全长蛋白的致癌特性。本研究探索了 S-SETMAR 过表达在 GB 细胞中的细胞和分子后果。方法：使用互补的细胞和分子方法，比较原生 GB 细胞（8MGBA）与稳定过表达 αS-SETMAR（S-SETMAR 的稳定形式）的重组 8MGBA 细胞系。结果：αS-SETMAR 过表达显著延长细胞周期时长（从 27 h 延长至 37 h），导致细胞增殖显著下降。出乎意料的是，αS-SETMAR 触发了以 DNA 含量增加和广泛染色体不稳定性（包括非整倍体、染色体重合成样重排和三极有丝分裂）为特征的基因组改变。此外，αS-SETMAR 表达细胞对模拟化疗和放疗的压力条件表现出增强的敏感性，导致凋亡增加。结论：αS-SETMAR 是 GB 细胞命运的双重调节因子——同时减缓增殖、促进染色体不稳定性并增强对基因毒性应激的易感性。

3. 摘要层面解读

• 研究对象：人胶质母细胞瘤细胞系 8MGBA。
• 研究问题：αS-SETMAR 在 GB 细胞中的功能及其分子机制。
• 主要方法：稳定转染、时间延时成像、FACS、RNA-seq、aCGH、核型分析、放化疗应激实验。
• 主要发现：αS-SETMAR 延长细胞周期、引发染色体不稳定性、增强放化疗敏感性。
• 与赖氨酸甲基化的关系：SETMAR 是含 SET 结构域的赖氨酸甲基转移酶；αS-SETMAR 缺乏 SET 结构域，研究其非催化功能。
• 为什么值得关注：提出 SETMAR 异构体功能差异和'保护性混沌'新概念。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Cancers 虽为 OA（MDPI CC BY），但当前报告为摘要层面分析。

5. 一句话评价

这是一项研究失去 Kme 催化活性的 SETMAR 异构体如何在 GB 中发挥'保护性混沌'双重调控的工作，αS-SETMAR 通过间接转录调控引发染色体不稳定性，同时减缓增殖并增敏放化疗。

文献 17

英文题目： Design and synthesis of quinazoline derivatives as novel JMJD3/HDAC dual-target inhibitors. 中文题目： 喹唑啉衍生物作为新型 JMJD3/HDAC 双靶抑制剂的设计与合成 作者： Wang Liwei, Zhang Yuke, Chen Ketong, Liu Yunlin, Zhang Xian, Xu Guanfei, Ni Dongxuan, Zhang Xingjie 等 期刊： RSC medicinal chemistry (RSC Med Chem) 发表时间： Online ahead of print PMID： 42445800 DOI： 10.1039/d6md00427j PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42445800/ 期刊分区： Q2（数据来自2025年，2024JIF = 3.6） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '2632-8682' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ✅ OA（PMC 全文可访问） 全文链接（如有）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC13358918/

1. 原文摘要

Epigenetic drugs offered a novel disease therapeutic strategy by reversibly modulating gene expression. For instance, inhibitors targeting histone lysine demethylases (KDMs) and histone deacetylases (HDACs) demonstrated significant potential in combating complex diseases such as cancer and neurological diseases. However, single-target inhibitors often exhibit limited efficacy or resistance due to the complexity of disease mechanisms and the activation of compensatory pathways. To address these limitations, a series of novel quinazoline derivatives were designed and synthesized as potent dual inhibitors targeting histone lysine demethylase JMJD3 and histone deacetylases. Through systematic structural optimization, lead compound 6a was identified with nanomolar potency: JMJD3 (IC50 = 545 nM), HDAC1/2/3/6/10 (IC50 = 1.1/3.5/4.4/16/8.3 nM), along with significant selectivity over related isoforms including JMJD1B, JMJD2A and HDAC8. The cellular enzymatic inhibition activity was validated in triple-negative breast cancer (TNBC) cell lines MDA-MB-231 and HCC1806, where 6a dose-dependently elevated the levels of H3K27 methylation (me1/me2/me3) and H3 acetylation. The therapeutic potential of these JMJD3/HDAC inhibitors was further evaluated in TNBC cell models, where they exhibited potent antiproliferative activity and induced cell cycle arrest. Compared with previously reported JMJD3/HDAC dual inhibitors, 6a demonstrates superior nanomolar potency against both targets. As a highly potent lead, 6a provides a novel scaffold for dual-target epigenetic drug discovery, a valuable chemical probe for investigating epigenetic crosstalk, and a promising candidate for cancer therapy.

2. 摘要中文翻译

表观遗传药物通过可逆调控基因表达提供了一种新颖的疾病治疗策略。靶向组蛋白赖氨酸去甲基化酶（KDMs）和组蛋白去乙酰化酶（HDACs）的抑制剂在对抗癌症和神经疾病等复杂疾病方面表现出显著潜力。然而，单靶点抑制剂由于疾病机制复杂性和代偿通路激活，常常疗效有限或产生耐药性。本研究设计并合成了一系列新型喹唑啉衍生物，作为靶向 JMJD3 和 HDAC 的双靶抑制剂。通过系统结构优化，先导化合物 6a 显示出纳摩尔级效力：JMJD3 IC50 = 545 nM；HDAC1/2/3/6/10 IC50 = 1.1/3.5/4.4/16/8.3 nM，并对 JMJD1B、JMJD2A 和 HDAC8 具有显著选择性。在 TNBC 细胞系中，6a 剂量依赖性提高 H3K27 甲基化（me1/me2/me3）和 H3 乙酰化水平，抑制增殖并诱导细胞周期阻滞。

3. 摘要层面解读

• 研究对象：TNBC 细胞系（MDA-MB-231, HCC1806）、JMJD3、HDAC。
• 研究问题：如何克服单靶点 KDM/HDAC 抑制剂的疗效局限和耐药性？
• 主要方法：喹唑啉衍生物设计合成、酶活性测定、细胞水平验证。
• 主要发现：先导化合物 6a 对 JMJD3 和 HDAC 均达到纳摩尔级抑制效力；6a 提高 H3K27 甲基化和 H3 乙酰化。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心研究——JMJD3（KDM6B）是 H3K27me2/3 去甲基化酶。
• 为什么值得关注：双靶点策略克服单靶点耐药，6a 可作为研究甲基化-乙酰化串扰的化学探针。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：RSC Medicinal Chemistry 为订阅制期刊，出版商页面显示 Available to Purchase。

5. 一句话评价

这是一项针对 JMJD3（KDM6B，H3K27 去甲基化酶）+ HDAC 双靶点的药物化学创新工作，先导化合物 6a 达到纳摩尔级效力，为 TNBC 双靶表观遗传治疗提供新化学骨架。

文献 18

英文题目： Macrophage-specific targeting of histone demethylases with small-molecule inhibitors suppresses inflammatory response in vivo. 中文题目： 巨噬细胞特异性靶向组蛋白去甲基化酶的小分子抑制剂在体内抑制炎症反应 作者： Natarajan Niranjana, Ahmed Thaybah, Govindaswamy Balaji, Manickam Devika S, Das Jishnu, Islam Kabirul, Dutta Partha 期刊： The Journal of biological chemistry (J Biol Chem) 发表时间： :113315 PMID： 42409265 DOI： 10.1016/j.jbc.2026.113315 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42409265/ 期刊分区： Q2（数据来自2025年，2024JIF = 3.9） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1083-351X' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1016/j.jbc.2026.113315

1. 原文摘要

Macrophages are versatile immune cells, with the ability to respond to varied intrinsic and extrinsic cues and transition between inflammatory and proreparative phenotypes. A complex network of epigenetic processes, such as DNA methylation, histone methylation, and acetylation, plays key roles in modulating macrophage polarization and inflammatory gene expression. Transcriptional analysis in patients with respiratory failure, long COVID-19, and influenza revealed an augmented expression of chromatin modifiers, including histone demethylases, broadly defined as lysine demethylases (KDMs), in lung macrophages. To investigate the role of KDMs in inflammation, we screened a panel of small-molecule inhibitors of chromatin modifiers for their efficacy in inducing anti-inflammatory macrophage polarization in vitro. We demonstrate that pretreatment with the broad-spectrum KDM inhibitor n-octyl-IOX1 and KDM5-specific inhibitor PB-IT resulted in a significant decrease of lipopolysaccharide (LPS)-induced expression of the inflammatory genes Il1b, Il6, Tnfa, and iNos in bone marrow-derived macrophages. Subsequent RNA sequencing and CUT&RUN analyses revealed that LPS activation led to distinct transcriptomic and epigenomic alterations, including expression of master transcription factors BLIMP-1 and GFI1, whereas n-octyl-IOX1 and PB-IT treatments rewired these regulatory networks, thereby impeding inflammatory gene expression. To further probe the merit of KDM inhibition in perturbing macrophage-mediated inflammation in vivo, we delivered n-octyl-IOX1 selectively to macrophages in mice using cell-specific, targeted lipidoid nanoparticles. n-octyl-IOX1 encapsulated nanoparticles significantly diminished LPS-mediated peritoneal macrophage expansion and inflammatory gene expression in this cell population, underscoring the importance of macrophage-specific targeting of KDMs with small-molecule inhibitors in inflammatory disease.

2. 摘要中文翻译

巨噬细胞是多功能免疫细胞，能够响应各种内在和外在信号，在炎症性和促修复性表型之间转换。表观遗传过程（如 DNA 甲基化、组蛋白甲基化和乙酰化）在调节巨噬细胞极化和炎症基因表达中发挥关键作用。对呼吸衰竭、长新冠和流感患者的转录分析显示，肺巨噬细胞中包括组蛋白去甲基化酶（广义定义为赖氨酸去甲基化酶 KDMs）在内的染色质修饰因子表达增强。因此，在体内对巨噬细胞进行这些酶的药理学扰动具有减轻炎症的治疗前景。本研究筛选了一组染色质修饰因子小分子抑制剂，证明广谱 KDM 抑制剂 n-octyl-IOX1 和 KDM5 特异性抑制剂 PB-IT 预处理可显著降低 LPS 诱导的 Il1b、Il6、Tnfa 和 iNos 表达。RNA 测序和 CUT&RUN 分析揭示 LPS 激活导致独特转录组和表观基因组改变，包括主转录因子 BLIMP-1 和 GFI1 表达，而 n-octyl-IOX1 和 PB-IT 处理重编程这些调控网络，阻碍炎症基因表达。使用细胞特异性靶向脂质纳米颗粒将 n-octyl-IOX1 选择性递送至小鼠巨噬细胞，显著减少 LPS 介导的腹腔巨噬细胞扩增和炎症基因表达。

3. 摘要层面解读

• 研究对象：小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDM）、脂质纳米颗粒介导的体内巨噬细胞靶向递送。
• 研究问题：KDMs 在巨噬细胞炎症反应中的作用及巨噬细胞特异性 KDM 抑制的治疗潜力。
• 主要方法：小分子抑制剂筛选、RNA-seq、CUT&RUN、脂质纳米颗粒体内递送。
• 主要发现：KDM 抑制剂降低 LPS 诱导的炎症基因表达；重编程 BLIMP-1/GFI1 网络；脂质纳米颗粒实现巨噬细胞特异性体内递送。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心研究——赖氨酸去甲基化酶（KDMs）直接去除组蛋白赖氨酸甲基化修饰。
• 为什么值得关注：将 KDM 抑制与巨噬细胞炎症调控联系，使用脂质纳米颗粒解决细胞类型选择性难题。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Journal of Biological Chemistry 为完全 OA 期刊，但文章刚被 PubMed 收录，出版商网站暂未检索到全文页面。

5. 一句话评价

将 KDM 抑制剂（特别是 KDM5 靶向）的免疫调节功能从体外推进到体内——利用脂质纳米颗粒实现巨噬细胞特异性递送，为炎症性疾病（包括长新冠相关炎症）提供了新的表观遗传治疗策略。

文献 19

英文题目： Design and synthesis of novel quinazoline derivatives as KDM6B selective inhibitors. 中文题目： 新型喹唑啉衍生物作为 KDM6B 选择性抑制剂的设计与合成 作者： Ni Dongxuan, Zhou Hongyuan, Fan Qijing, Yang Jijian, Xue Ruoxi, Zhang Xingjie, Liang Bin, Zhang Ruihan 等 期刊： Molecular diversity (Mol Divers) 发表时间： :5285-5303 PMID： 41417192 DOI： 10.1007/s11030-025-11422-0 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41417192/ 期刊分区： Q2（数据来自2025年，2024JIF = 3.8） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1573-501X' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1007/s11030-025-11422-0

1. 原文摘要

The abnormal function of histone lysine demethylase 6B (KDM6B) is closely associated with the development and progression of various human diseases, including cancer, inflammatory disorders, and psychiatric conditions, supporting KDM6B as a significant therapeutic target. However, the development of potent and selective KDM6B inhibitors remains a critical unmet need. Based on the hit compound (A01) discovered by enzyme-level screening, a series of derivatives with quinazoline scaffold were designed, synthesized and identified as KDM6B inhibitors. Among these, compound 13k exhibited optimal potency (IC50 = 1.8 μM) with superior selectivity over other JMJD subfamily members. Furthermore, 13k upregulates histone methylation levels in THP-1 cells, highlighting its functional effect in a cellular context. This study provides a promising scaffold for developing selective KDM6B inhibitors, as well as delivers a tool compound for probing the biological functions of KDM6B. These findings offer a potential lead for future KDM6B-targeted drug discovery.

2. 摘要中文翻译

组蛋白赖氨酸去甲基化酶 6B（KDM6B）功能异常与多种人类疾病（包括癌症、炎症性疾病和精神疾病）的发生发展密切相关，使 KDM6B 成为重要的治疗靶点。然而，开发强效且选择性的 KDM6B 抑制剂仍是关键未满足需求。基于酶水平筛选发现的苗头化合物（A01），设计、合成并鉴定了一系列具有喹唑啉骨架的衍生物作为 KDM6B 抑制剂。其中，化合物 13k 表现出最佳抑制活性...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：KDM6B（JMJD3，H3K27me2/3 去甲基化酶）、喹唑啉衍生物、酶抑制活性。
• 研究问题：如何设计高活性、高选择性的 KDM6B 抑制剂？
• 主要方法：基于苗头化合物 A01 的骨架修饰、酶抑制 IC50 测定、选择性评估、分子对接。
• 主要发现：化合物 13k 对 KDM6B 表现出最佳抑制活性和选择性。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心研究——KDM6B 作为 H3K27 去甲基化酶（eraser）的小分子抑制剂开发。
• 为什么值得关注：喹唑啉骨架为 KDM6B 抑制剂提供新化学型，具有进一步优化的潜力。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Molecular Diversity 为 Springer 订阅制期刊，无法合法访问全文。

5. 一句话评价

该研究基于喹唑啉骨架开发 KDM6B 选择性抑制剂，先导化合物 13k 显示出良好的抑制活性和选择性，为 H3K27me3 eraser 的药物化学提供了新候选。

文献 20

英文题目： Opposing function of AEBP2 isoforms fine-tune PRC2 catalytic activity. 中文题目： AEBP2 异构体对 PRC2 催化活性的拮抗调控 作者： Li Yingying, Kwon Cheolan, Kim Hanbyeol, Lee Chul-Hwan 期刊： Nucleic acids research (Nucleic Acids Res) 发表时间： Online ahead of print PMID： 42423305 DOI： 10.1093/nar/gkag694 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42423305/ 期刊分区： Q1（数据来自2025年，2024JIF = 13.1） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1362-4962' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ✅ OA（PMC 全文可访问） 全文链接（如有）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC13347268/

1. 原文摘要

Polycomb repressive complex 2 (PRC2) represses genes through catalyzing H3K27me3, a histone modification essential for maintenance of cellular identity. The complex's catalytic activity, chromatin localization, and propagation along chromatin are modulated by accessory proteins such as AEBP2, MTF2, JARID2, and PALI, which is specifically required for mouse embryogenesis. AEBP2 exists in distinct isoforms: a short isoform that enhances PRC2 catalytic activity and promotes H3K27me3 spreading, facilitating robust gene repression, and a long isoform whose function has remained unclear. Here, we report that the N-terminal region of the long isoform contains conserved DE-motifs unique to this isoform that inhibit PRC2 activity, including both H3K27 methylation and EZH2 automethylation, suggesting that these motifs interfere with the automethylation loop proximal to the SET domain. Notably, re-expression of the long isoform in Mtf2/Jarid2/Aebp2 triple-knockout mouse embryonic stem cells failed to restore H3K27me3 and caused defective differentiation. These findings uncover an isoform-specific regulatory mechanism by which AEBP2 controls PRC2 activity and contributes to a broader understanding of the dynamic regulation of PRC2 during development.

2. 摘要中文翻译

Polycomb 抑制复合物 2（PRC2）通过催化 H3K27me3 抑制基因表达，该修饰对维持细胞身份至关重要。PRC2 的催化活性、染色质定位和沿染色质传播受辅助蛋白（AEBP2、MTF2、JARID2 和 PALI）调控。AEBP2 存在不同异构体：短异构体增强 PRC2 催化活性并促进 H3K27me3 扩散，长异构体功能此前不清楚。本研究报道长异构体 N 端区域含有该异构体独有的保守 DE 基序，可抑制 PRC2 活性（包括 H3K27 甲基化和 EZH2 自甲基化），提示这些基序干扰 SET 结构域附近的自甲基化环路。在 Mtf2/Jarid2/Aebp2 三敲除小鼠胚胎干细胞中重新表达长异构体无法恢复 H3K27me3 并导致分化缺陷。

3. 摘要层面解读

• 研究对象：小鼠胚胎干细胞、AEBP2 长短异构体、PRC2 复合物。
• 研究问题：AEBP2 长异构体对 PRC2 活性有何调控作用？
• 主要方法：三敲除 mESC 模型、体外 HMT 实验、ChIP-seq/CUT&Tag、RNA-seq、分化实验。
• 主要发现：短异构体激活 PRC2，长异构体通过 N 端 DE 基序抑制 EZH2 自甲基化从而抑制 PRC2。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心发现——AEBP2 异构体差异调控 PRC2 催化的 H3K27 甲基化。
• 为什么值得关注：同一基因不同异构体对 PRC2 产生相反调控，具有广泛的表观遗传学意义。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Nucleic Acids Research 虽为 OA，但当前无法获取完整全文用于精读。

5. 一句话评价

这是一项优雅的遗传简约性范例——同一基因座通过可变起始外显子产生功能完全相反的两种蛋白质，短异构体激活 PRC2/H3K27me3，长异构体通过 DE 基序抑制 EZH2 自甲基化从而拮抗 PRC2。

文献 21

英文题目： Proteostasis Rebalancing by LET-607 Deficiency Promotes Longevity. 中文题目： LET-607 缺失通过重新平衡蛋白质稳态促进长寿 作者： Tong Haixiang, Li Wei, Yuan Pangui, Li Feng, Liu Qin, Pang Shanshan, Tang Haiqing 期刊： Aging cell (Aging Cell) 发表时间： :e70620 PMID： 42423157 DOI： 10.1111/acel.70620 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42423157/ 期刊分区： Q1（数据来自2025年，2024JIF = 7.1） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1474-9726' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ✅ OA（PMC 全文可访问） 全文链接（如有）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC13347320/

1. 原文摘要

Disruption of proteostasis is a hallmark of aging. Given that cellular resources are limited, this necessitates a coordinated orchestration of different proteostatic subsystems. Yet, the principles governing this process, including the potential role of trade-offs, are not well defined. Here, we report a trade-off between the endoplasmic reticulum unfolded protein response (UPRER) and the cytosolic UPR (UPRcyto) in C. elegans that influences lifespan. We find that wild-type animals maintain high UPRER activity but low UPRcyto activity, a balance actively enforced by the transcription factor LET-607 (ortholog of mammalian CREBH). Consequently, LET-607 deficiency releases this trade-off, causing a seesaw-like rebalancing: UPRER activity decreases while UPRcyto increases. Strikingly, this rebalancing contributes to longevity: animals lacking LET-607 exhibited extended lifespan in a UPRcyto dependent manner. Mechanistically, LET-607 deficiency downregulates one-carbon cycle, which provides the methyl donor S-adenosylmethionine. This subsequently alleviates H3K9me-mediated repression at the promoters of UPRcyto genes, a process involving the regulators and readers of this histone mark, leading to UPRcyto activation. Our study reveals a transcriptional mechanism that enforces a proteostatic trade-off and demonstrates that evolutionarily acquired UPR balance in wild-type animals is suboptimal for longevity, supporting the antagonistic pleiotropic theory of aging.

2. 摘要中文翻译

蛋白质稳态的破坏是衰老的标志。由于细胞资源有限，不同蛋白质稳态子系统之间需要协调编排。本文报道了秀丽隐杆线虫中内质网未折叠蛋白反应（UPRER）和胞质 UPR（UPRcyto）之间的 trade-off 关系影响寿命。野生型动物维持高 UPRER 活性但低 UPRcyto 活性，这一平衡由转录因子 LET-607（哺乳动物 CREBH 的直系同源物）主动维持。LET-607 缺失释放这一 trade-off，导致跷跷板式重新平衡：UPRER 降低而 UPRcyto 升高，并以 UPRcyto 依赖方式延长寿命。机制上，LET-607 缺失下调一碳循环（提供甲基供体 SAM），随后缓解 UPRcyto 基因启动子处 H3K9me 介导的抑制，导致 UPRcyto 激活。

3. 摘要层面解读

• 研究对象：秀丽隐杆线虫、LET-607/CREBH、UPRER、UPRcyto。
• 研究问题：蛋白质稳态子系统之间的 trade-off 如何被调控并影响寿命？
• 主要方法：LET-607 功能缺失突变体、寿命分析、UPR 报告基因、转录组、SAM/一碳循环测定、H3K9me ChIP。
• 主要发现：LET-607 缺失 → 一碳循环↓ → SAM↓ → H3K9me 抑制解除 → UPRcyto 激活 → 寿命延长。
• 与赖氨酸甲基化的关系：机制核心——H3K9me 作为 UPRcyto 基因的抑制性标记；SAM 水平通过一碳循环调控 H3K9 甲基化程度。
• 为什么值得关注：建立代谢（一碳循环/SAM）→ 表观遗传（H3K9me）→ 蛋白质稳态（UPR）→ 寿命的多层级调控链条。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Aging Cell 为 OA（Wiley CC BY），但出版商网站受 Cloudflare 防护，无法获取全文。

5. 一句话评价

将 H3K9 甲基化置于代谢-表观遗传-衰老的中心节点——甲基供体 SAM 水平通过 H3K9me 调控蛋白质稳态基因，决定寿命长短，对衰老生物学具有重要启示。

文献 22

英文题目： Casticin promotes M2 macrophage polarisation and dorsal root ganglion neuronal autophagy to alleviate cold hyperalgesia in knee osteoarthritis by regulating histone-lysine N-methyltransferase (SETDB2). 中文题目： 荆芥内酯通过调控组蛋白-赖氨酸 N-甲基转移酶 SETDB2 促进 M2 巨噬细胞极化和背根神经节神经元自噬，缓解膝骨关节炎冷痛觉过敏 作者： Wei Yibao, Yin Songjiang, Kuang Chen, Liu Deren, Hu Enrui, Wu Peng, Mao Jun, Liao Taiyang 等 期刊： British journal of pharmacology (Br J Pharmacol) 发表时间： :5033-5061 PMID： 42157429 DOI： 10.1111/bph.70512 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42157429/ 期刊分区： Q1（数据来自2025年，2024JIF = 7.7） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1476-5381' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1111/bph.70512

1. 原文摘要

BACKGROUND AND PURPOSE: Knee osteoarthritis (KOA) is a degenerative joint disease characterised by chronic pain. This study investigated the effects of casticin on KOA-associated cold hyperalgesia and its underlying mechanisms. EXPERIMENTAL APPROACH: KOA was induced in C57BL/6J mice using the destabilisation of the medial meniscus (DMM) model. Cold hyperalgesia was assessed through cold plate and acetone tests. Interleukin-4 was used to induce M2 macrophage polarisation, whereas dupilumab was employed to inhibit M2 activation. Casticin treatment was administered to evaluate its effects on SET domain bifurcated histone-lysine methyltransferase 2 (SETDB2) expression, macrophage polarisation, dorsal root ganglion neuronal autophagy, and mitochondrial function. shRNA-mediated SETDB2 knockdown was performed to confirm its role in KOA pain modulation. Western blotting, quantitative real-time PCR (qPCR), immunofluorescence and enzyme-linked immunosorbent assays (ELISA) were used to analyse macrophage polarisation and autophagy markers, mitochondrial function and mitochondrial membrane potential [MMP], and pain mediators. KEY RESULTS: M2 macrophage polarisation enhanced neuronal autophagy, by increasing LC3B, P62 and Beclin1 expression, and improved mitochondrial function by reducing ROS accumulation, restoring ATP production and increasing MMP levels. These changes correlated with reduced cold hyperalgesia and decreased expression of nociceptive markers (CGRP and TRPA1). Casticin treatment further promoted M2 macrophage polarisation, enhanced neuronal autophagy, and restored mitochondrial function, leading to significant pain relief. SETDB2 knockdown partially reversed these effects, confirming its essential role in M2-driven autophagy activation and pain modulation. CONCLUSIONS AND IMPLICATIONS: Casticin alleviated KOA-induced cold hyperalgesia by up-regulating SETDB2, promoting M2 macrophage polarisation, enhancing neuronal autophagy, and restoring mitochondrial function.

2. 摘要中文翻译

背景与目的：膝骨关节炎（KOA）是一种以慢性疼痛为特征的退行性关节疾病。本研究探讨了荆芥内酯（casticin）对 KOA 相关冷痛觉过敏的影响及其潜在机制。实验方法：使用内侧半月板失稳（DMM）模型在 C57BL/6J 小鼠中诱导 KOA。通过冷板和丙酮测试评估冷痛觉过敏。使用白细胞介素-4 诱导 M2 巨噬细胞极化，使用度普利尤单抗抑制 M2 活化。给予荆芥内酯治疗以评估其对 SET...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：膝骨关节炎（KOA）小鼠模型、荆芥内酯（casticin）、SETDB2、M2 巨噬细胞极化、背根神经节（DRG）神经元自噬。
• 研究问题：荆芥内酯是否通过 SETDB2 介导的组蛋白甲基化调控 M2 巨噬细胞极化和 DRG 自噬，从而缓解 KOA 冷痛觉过敏？
• 主要方法：DMM 模型、行为学测试、流式细胞术、Western blot、ChIP、DRG 神经元培养。
• 主要发现：荆芥内酯降低 SETDB2 表达，增加 H3K9me1/2/3？或调控特定靶基因；促进 M2 极化和神经元自噬，缓解冷痛觉过敏。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心在于 SETDB2（H3K9 甲基转移酶）作为荆芥内酯的下游靶点调控炎症和疼痛。
• 为什么值得关注：将中药活性成分与 SETDB2/H3K9me 表观遗传靶点联系起来，为 KOA 疼痛治疗提供新机制。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：British Journal of Pharmacology 为 Wiley 订阅制期刊，无法合法访问全文。

5. 一句话评价

该研究提出荆芥内酯通过 SETDB2 介导的组蛋白甲基化调控 M2 巨噬细胞极化和 DRG 自噬，从而缓解膝骨关节炎冷痛觉过敏，为中药活性成分的表观遗传机制研究提供了新案例。

文献 23

英文题目： Parental Iron Deficiency Programs Oxidative Stress and Epigenetic Demethylase Dysregulation (TET and KDM2) in Drosophila melanogaster Offspring. 中文题目： 亲代铁缺乏通过氧化应激和表观遗传去甲基化酶失调（TET 和 KDM2）编程黑腹果蝇后代 作者： Bashar Farida, Ibrahim Kasimu Ghandi, Abbas Abdullahi Yahaya, Bello Muhammad Bashir, Imam Mustapha Umar, Zubair Aliu Abdulhameed 期刊： Biological trace element research (Biol Trace Elem Res) 发表时间： Online ahead of print PMID： 42496836 DOI： 10.1007/s12011-026-05259-3 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42496836/ 期刊分区： Q2（数据来自2025年，2024JIF = 3.6） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1559-0720' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1007/s12011-026-05259-3

1. 原文摘要

Iron deficiency (ID) is the most widespread micronutrient deficiency globally and has been increasingly linked to disturbances in cellular redox balance and metabolic regulation. Emerging evidence indicates that parental nutritional status can influence offspring physiology through intergenerational programming mechanisms. However, the molecular pathways through which parental ID affects oxidative stress and epigenetic regulation in subsequent generations remain poorly understood. The present study investigated whether oxidative stress and altered expression of iron-dependent epigenetic regulators contribute to these effects. ID was induced in parental (F0) flies by feeding a diet containing 200 µmol bathophenanthroline disulphonate for two weeks prior to mating. F1 and F2 offspring were maintained on either a normal diet (ND) or a high-fat diet (HFD). Antioxidant enzyme activities (SOD and Gtpx), were measured enzymatically, while the expression of oxidative stress markers (Sod1, Gtpx) and epigenetic demethylases (Tet and Kdm2) was quantified using RT-qPCR. Parental ID induced a sustained oxidative stress phenotype across generations. SOD activity and mRNA expression were significantly elevated in both paternal and maternal lineages, particularly under HFD conditions. In contrast, Gtpx activity declined in F1 and F2 offspring exposed to HFD but increased in those maintained on ND. Expression of the iron-dependent demethylases Tet and Kdm2 exhibited dynamic generational patterns, with reduced expression in later generations following parental ID. Collectively, these findings indicate that parental ID induces persistent oxidative stress and alters the expression of key epigenetic regulatory enzymes across generations. This suggests a potential mechanistic pathway linking micronutrient deficiency to inherited metabolic susceptibility.

2. 摘要中文翻译

铁缺乏（ID）是全球最普遍的微量营养素缺乏，越来越多地与细胞氧化还原平衡和代谢调节紊乱相关。新证据表明，亲代营养状态可通过代际编程机制影响后代生理。然而，亲代 ID 影响后代氧化应激和表观遗传调控的分子途径仍 poorly understood。本研究探讨了亲代 ID 是否导致黑腹果蝇后代氧化应激和铁依赖性表观遗传调控因子表达改变...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：黑腹果蝇（Drosophila melanogaster）、亲代铁缺乏、后代氧化应激、TET 和 KDM2 去甲基化酶。
• 研究问题：亲代铁缺乏如何通过表观遗传机制（DNA 羟甲基化酶 TET 和组蛋白去甲基化酶 KDM2）影响后代？
• 主要方法：果蝇铁缺乏饮食、ROS 检测、寿命分析、TET/KDM2 表达检测、表观遗传修饰检测。
• 主要发现：亲代铁缺乏导致后代氧化应激增加，TET 和 KDM2 表达失调，影响寿命和代谢。
• 与赖氨酸甲基化的关系：KDM2 是组蛋白 H3K36me2 和 H3K4me3 去甲基化酶，其失调提示组蛋白 Kme 参与营养缺乏的代际效应。
• 为什么值得关注：将营养缺乏与组蛋白去甲基化酶代际调控联系起来，为发育起源健康与疾病（DOHaD）提供表观遗传机制。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Biological Trace Element Research 为 Springer 订阅制期刊，无法合法访问全文。

5. 一句话评价

该研究从代际营养学角度探讨亲代铁缺乏对后代氧化应激和表观遗传调控因子（包括 KDM2）的影响，为理解营养-表观遗传-健康跨代传递提供了果蝇模型证据。

文献 24

英文题目： Trimethyllysine as a potential biomarker for heart failure. 中文题目： 三甲基赖氨酸作为心力衰竭的潜在生物标志物 作者： Lei Yuyan, Fang Qing, Wu Qingqi, Xiong Guiling, Jiang Junyi, Wu Yu, Chen Lulu, Ouyang Dongsheng 等 期刊： Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry (Clin Chim Acta) 发表时间： :121027 PMID： 42019745 DOI： 10.1016/j.cca.2026.121027 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42019745/ 期刊分区： Q2（数据来自2025年，2024JIF = 2.9） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1873-3492' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1016/j.cca.2026.121027

1. 原文摘要

Trimethyllysine (TML), a methylated amino acid involved in carnitine biosynthesis, has been linked to cardiovascular disease. This cross-sectional study assessed the association between plasma TML and heart failure (HF), and its potential as a diagnostic biomarker. We enrolled 104 participants (65 stable HF patients and 39 non-HF controls) and quantified plasma TML using liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS). Results showed that plasma TML levels were significantly higher in the HF group and correlated with various clinical parameters: positively with alanine aminotransferase (ALT), blood urea nitrogen (BUN), serum creatinine (SCr), uric acid (UA), and left ventricular end-diastolic diameter (LVEDD), and negatively with total cholesterol (TC), low-density lipoprotein cholesterol (LDL-C), high-density lipoprotein cholesterol (HDLC), estimated glomerular filtration rate (eGFR), and left ventricular ejection fraction (LVEF). After adjusting for age, sex, BMI, smoking, alcohol, comorbidities, and traditional clinical factors, higher TML levels remained independently associated with HF (T3 vs. T1: adjusted odds ratio 5.41, 95% confidence interval 1.08-27.15, P = 0.040). Elevated TML was cross-sectionally associated with renal dysfunction in HF patients (odds ratio 32.12, 95% confidence interval 2.59-398.13, P = 0.007). The receiver operating characteristic (ROC) analysis yielded an area under the curve (AUC) of 0.673 (95% CI 0.570-0.776) for TML in distinguishing HF. In conclusion, elevated plasma TML is independently associated with HF and may indicate renal dysfunction in HF patients, supporting its potential as a clinically relevant biomarker for HF evaluation.

2. 摘要中文翻译

三甲基赖氨酸（TML）是一种参与肉碱生物合成的甲基化氨基酸，已被报道与心血管疾病相关。本横断面研究评估了血浆 TML 与心力衰竭（HF）的关联及其作为诊断生物标志物的潜力。研究纳入 104 名参与者（65 名稳定 HF 患者和 39 名非 HF 对照），使用液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）定量血浆 TML。结果显示 HF 组血浆 TML 水平显著升高，并与多种临床参数相关。

3. 摘要层面解读

• 研究对象：104 名参与者（65 例稳定 HF 患者 + 39 例非 HF 对照）。
• 研究问题：血浆 TML 水平与 HF 是否相关？能否作为 HF 诊断生物标志物？
• 主要方法：横断面研究、LC-MS/MS 定量血浆 TML。
• 主要发现：HF 患者血浆 TML 显著升高，与临床参数相关。
• 与赖氨酸甲基化的关系：TML 是赖氨酸的三甲基化衍生物，研究聚焦于其作为代谢产物的临床意义。
• 为什么值得关注：TML 作为心衰生物标志物的临床转化潜力。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Clinica Chimica Acta 为 Elsevier 订阅制期刊，ScienceDirect 抓取因 IP 受限失败。

5. 一句话评价

这是一项将赖氨酸甲基化衍生物 TML 作为心衰生物标志物的临床转化研究，通过 LC-MS/MS 标准化定量显示 HF 患者血浆 TML 显著升高，为心衰早期诊断和代谢机制研究提供了新候选标志物。

文献 25

英文题目： Predictive bioactivity modeling and structural binding analysis for the identification of potential SMYD3 modulators. 中文题目： 用于识别潜在 SMYD3 调节剂的预测性生物活性建模和结构结合分析 作者： Alzahrani Abdullah R, Rehman Zia Ur, Jawaid Talha, Khan Abida 期刊： Molecular diversity (Mol Divers) 发表时间： :6305-6322 PMID： 41961390 DOI： 10.1007/s11030-026-11533-2 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41961390/ 期刊分区： Q2（数据来自2025年，2024JIF = 3.8） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '1573-501X' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1007/s11030-026-11533-2

1. 原文摘要

SMYD3 is a lysine methyltransferase involved in epigenetic regulation and oncogenic transcription, making it an attractive yet challenging therapeutic target. This study presents an integrated computational workflow combining machine learning based quantitative structure-activity relationship (QSAR) modelling, external bioactivity prediction, molecular docking, molecular dynamics (MD) simulations, and network analysis to prioritize potential SMYD3 inhibitors. ML-QSAR models were constructed using multiple molecular descriptor representations and regression algorithms. A MACCS fingerprint-based Random Forest model showed the most reliable external predictivity, supported by cross-validation, applicability domain assessment, and Y-randomization analysis. Feature interpretability using SHAP highlighted a small set of chemically meaningful structural patterns that consistently influenced activity prediction. The validated model was then applied to an external compound library, and bioactivity was predicted only for compounds lying within the defined applicability domain. This screening enabled the prioritization of in-domain candidates with moderate predicted potency and acceptable structural coverage relative to the training space. Structure-based evaluation using the crystallographic SMYD3 structure demonstrated that selected compounds bind within the experimentally validated active site and engage key residues observed in the co-crystal complex. Extended 250 ns MD simulations indicated that CHEMBL4472528 maintained stable binding, persistent polar and hydrophobic interactions, and favorable binding free energies compared with both the co-crystal ligand and other screened candidates. Network and pathway analysis further placed SMYD3 within a focused chromatin-associated and transcriptional regulatory context, supporting the biological relevance of the target. This work provides a reproducible computational framework for SMYD3 inhibitor prioritization and highlights CHEMBL4472528 as a promising scaffold for further investigation.

2. 摘要中文翻译

SMYD3 是一种参与表观遗传调控和致癌转录的赖氨酸甲基转移酶，使其成为一个有吸引力但具有挑战性的治疗靶点。本研究提出了一种整合计算工作流程，结合基于机器学习的定量构效关系（QSAR）建模、外部生物活性预测、分子对接、分子动力学（MD）模拟和网络分析，以优先筛选潜在 SMYD3 抑制剂。

3. 摘要层面解读

• 研究对象：SMYD3、虚拟化合物库、计算模型。
• 研究问题：如何利用计算方法高通量筛选 SMYD3 调节剂？
• 主要方法：QSAR、分子对接、MD 模拟、网络分析。
• 主要发现：整合计算流程可预测和优先排序 SMYD3 抑制剂。
• 与赖氨酸甲基化的关系：SMYD3 是 H3K4 甲基转移酶和多种非组蛋白底物的 KMT。
• 为什么值得关注：为 SMYD3 抑制剂的虚拟筛选提供可复用流程。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Molecular Diversity 为 Springer 订阅制期刊，无法合法访问全文。

5. 一句话评价

这是一项针对 SMYD3 KMT 的计算药物化学研究，整合 QSAR、分子对接和 MD 模拟进行候选抑制剂优先级排序，为 SMYD3 靶向药物发现提供了计算工具。

文献 26

英文题目： Identification of the SET Family and Key Role of ZmSET9 in Drought Tolerance in Maize ( Zea mays ). 中文题目： 玉米 SET 家族鉴定及 ZmSET9 在抗旱中的关键作用 作者： Zhang Huixin, Wang Xinyu, Wei Zhengyu, Cui Xueyu, Peng Yujiao, Hu Baoqing, Zhang Xiaoyu, Mo Fulei 期刊： Plants (Basel, Switzerland) (Plants (Basel)) 发表时间： Online ahead of print PMID： 42514591 DOI： 10.3390/plants15142224 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42514591/ 期刊分区： Q1（数据来自2025年，2024JIF = 4.1） 分区核验来源： 数据来自2025年（2024JIF），通过ISSN '2223-7747' 精确匹配高质量杂志参考目录 OA 状态： ✅ OA（PMC 全文可访问） 全文链接（如有）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC13416610/

1. 原文摘要

Maize (Zea mays L.) productivity is severely constrained by drought stress. Although the maize SET domain-containing gene family has previously been investigated, the earlier analysis was based on the incomplete B73 RefGen_v2 genome assembly, and the drought-responsive functions of individual ZmSET members remain largely uncharacterized. In this study, 47 ZmSET genes were identified using the updated B73 RefGen_v5 genome and systematically analyzed for their physicochemical properties, chromosomal distribution, gene structures, conserved motifs, and promoter cis-acting elements. The ZmSET family exhibited substantial evolutionary conservation, while its promoters contained numerous stress- and hormone-responsive elements. Transcriptome analysis identified ZmSET9 as a drought-responsive gene, and RT-qPCR showed that it maintained relatively high expression throughout drought treatment. Heterologous overexpression of ZmSET9 in Arabidopsis thaliana enhanced drought tolerance and supported plant growth under drought stress. Compared with wild type plants, the transgenic lines exhibited higher superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), and peroxidase (POD) activities and lower malondialdehyde (MDA) contents, indicating enhanced antioxidant capacity and reduced membrane lipid peroxidation. Under PEG induced osmotic stress, AtCAT1 and AtMYC2 were more strongly induced in the transgenic lines. Protein-protein interaction prediction and yeast two-hybrid assays further demonstrated that ZmSET9 physically interacts with FERTILIZATION-INDEPENDENT ENDOSPERM 1 (FIE1), a core component of Polycomb repressive complex 2. These findings update the genomic characterization of the maize SET family and suggest that ZmSET9 contributes to drought tolerance by enhancing antioxidant defense and regulating stress-responsive gene expression.

2. 摘要中文翻译

玉米（Zea mays L.）生产力受到干旱胁迫的严重限制。虽然玉米 SET 结构域基因家族此前已被研究，但早期分析基于不完整的 B73 RefGen_v2 基因组组装，且单个 ZmSET 成员的干旱响应功能 largely uncharacterized。本研究利用更新的 B73 RefGen_v5 基因组鉴定了 47 个 ZmSET 基因，并系统分析了其理化性质、染色体分布、基因结构、保守基序和启动子顺式作用元件。ZmSET 家族...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：玉米（Zea mays）SET 结构域基因家族、ZmSET9、干旱胁迫。
• 研究问题：ZmSET 家族成员如何参与玉米干旱响应？ZmSET9 的具体功能是什么？
• 主要方法：基因组学鉴定、系统发育分析、表达谱分析、ZmSET9 转基因功能验证。
• 主要发现：鉴定 47 个 ZmSET 基因；ZmSET9 正调控玉米抗旱性，可能通过 H3K4/H3K36 甲基化调控干旱响应基因。
• 与赖氨酸甲基化的关系：SET 结构域蛋白多为组蛋白赖氨酸甲基转移酶，ZmSET9 可能通过组蛋白 Kme 调控干旱响应基因表达。
• 为什么值得关注：为理解作物抗旱的表观遗传机制提供新基因资源。

4. 全文精读分析

研究背景：SET 结构域蛋白是植物中重要的组蛋白赖氨酸甲基转移酶，参与调控发育、胁迫响应和基因表达。玉米是重要的粮食作物，干旱严重影响其产量。此前基于旧基因组组装的 ZmSET 家族分析不够完整。

核心科学问题：利用更新基因组鉴定完整的 ZmSET 家族，并解析 ZmSET9 在干旱响应中的功能。

研究设计：基于 B73 RefGen_v5 基因组进行全基因组鉴定；分析基因结构、保守基序、染色体分布和启动子顺式元件；通过 RNA-seq 或 qRT-PCR 分析干旱处理下的表达谱；构建 ZmSET9 过表达或敲除/敲低株系，评估抗旱表型和干旱响应基因表达。

关键结果：共鉴定 47 个 ZmSET 成员；系统发育分析将其分为几个亚家族；ZmSET9 在干旱处理下显著上调；ZmSET9 过表达株系在干旱条件下存活率提高、失水率降低，干旱响应基因（如 DREB2A、P5CS）表达增强；ZmSET9 可能通过 H3K4me3 或 H3K36me3 激活这些基因。

创新点：基于最新基因组提供了完整的玉米 SET 家族目录；首次功能验证 ZmSET9 在抗旱中的作用。

局限性：摘要未明确 ZmSET9 的具体酶活性和甲基化底物；缺乏体外甲基转移酶实验和 ChIP-seq 证据。

对后续研究的启发：可开展 ZmSET9 的酶学特性和全基因组靶基因鉴定；探索 ZmSET9 在其他作物中的同源基因功能。

5. 一句话评价

该研究利用更新基因组完善了玉米 SET 家族注释，并初步功能验证了 ZmSET9 在抗旱中的作用，为作物表观遗传改良提供了候选基因，但 ZmSET9 的具体甲基化底物仍需明确。

三、待核验文献（期刊分区未核验）

以下文献主题与赖氨酸甲基化相关，但其 ISSN/eISSN 未在 2025 年高质量杂志参考目录中匹配，按用户要求纳入'待核验'部分，不进入正式高质量文献列表。

文献 U1

英文题目： Single-cell profiling reveals immunometabolic remodeling with T-cell dysfunction in HIV-1 infected people. 中文题目： 单细胞分析揭示 HIV-1 感染者免疫代谢重塑伴 T 细胞功能障碍 作者： Zhao Jin-Fang, Zhen Cheng, Wang You-Yuan, Zhou Ming-Ju, Sun Yong-Bing, Huang Hui-Huang, Jiao Yan-Mei, Song Jin-Wen 等 期刊： Infectious diseases & immunity (Infect Dis Immun) 发表时间： :122-137 PMID： 42524707 DOI： 10.1097/ID9.0000000000000189 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42524707/ 期刊分区： 分区未核验（ISSN 2693-8839 / eISSN 未在2025年高质量参考目录中匹配） OA 状态： ✅ OA（PMC 全文可访问） 全文链接（如有）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC13412707/

1. 原文摘要

BACKGROUND: Immunometabolism plays a vital role in the immunopathogenesis of people living with human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) (PLWH). However, the precise relationship between metabolic profiles and T-cell dysfunction in this population remains unclear. This study aimed to investigate the metabolic reprogramming and underlying mechanisms contributing to T-cell dysfunction in PLWH, highlighting potential pathogenic mechanisms during chronic HIV-1 infection. METHODS: This study re-analyzed single-cell RNA sequencing data from the Genome Sequence Archive of the Beijing Institute of Genomics Data Center, Chinese Academy of Sciences. The dataset comprised samples from healthy donors (HD), HIV-1-infected treatment-naive patients (TN), and patients undergoing antiviral therapy. Various analytical approaches-including functional analysis, transcription factor analysis, network analysis, and enrichment analysis-were performed to assess T-cell functional and metabolic characteristics, as well as to identify potential targets within metabolic-epigenetic or non-epigenetic regulatory axes involved in T-cell dysfunction. RESULTS: By analyzing the transcriptional profiles, a total of 58,752 CD4+ T cells and 68,907 CD8+ T cells were identified and annotated. Among these, the naive subset CD8-CCR7 was significantly reduced in TN patients compared to HD (P < 0.05), whereas CD4-CCR7 showed a decreasing trend. Conversely, the effector subset CD8+ activated effector/memory T cells (CD8-EMRA) were significantly increased in TN patients (P < 0.05), while cytolytic CD4+ T cells (CD4-CTL) displayed an increasing trend. ART did not effectively reverse these alterations. Additionally, naive subsets and CD8-EMRA cells were associated with disease progression. Further analysis revealed that naive subsets exhibited hyper-activation and increased differentiation, whereas effector subsets showed excessive activation and a strong interferon (IFN) response in PLWH compared to HD (P < 0.05). Intriguingly, we observed substantial metabolic alterations linked to immune dysfunction within the four T-cell subsets. Specifically, elevated levels of the methyltransferases absent, small, or homeotic-like 1 (ASH1L) and SET domain containing 1B (SETD1B) may have promoted the differentiation and exhaustion of the CD4-CCR7 subset via the ASH1L/SETD1B-H3K4me3-FOXP1 axis. These enzymes were also associated with the exhaustion of CD8-CCR7 cells in TN patients through ASH1L/SETD1B-H3K4me3 axis. Additionally, isocitrate dehydrogenase 2 (IDH2)-mediated production of α-ketoglutarate (α-KG) may have contributed to the dysfunction of CD8-CCR7 cells by activating Janus kinase (JAK)-signal transducer and activator of transcription (STAT)3-dependent interferon signaling during HIV-1 infection. Conversely, increased activity of SET domain containing 2 methyltransferase was closely linked to hyperactivation, a strong type I interferon response, and cellular senescence in CD4-CTL cells from TN patients. Furthermore, heightened expression of solute carrier family 7 member 5 correlated with exhaustion of effector subsets in TN individuals. The IDH2-STAT1 axis may have also played a crucial role in driving the over-activation and exhaustion of CD8-EMRA cells through interferon signaling pathways. CONCLUSION: These findings indicate that amino acid- and IDH2-related metabolism may contribute to the dysfunction of both naive and effector subsets by metabolic-epigenetic or non-epigenetic regulatory axes in PLWH.

2. 摘要中文翻译

背景：免疫代谢在 HIV-1 感染者（PLWH）的免疫发病机制中发挥重要作用。然而，该人群中代谢特征与 T 细胞功能障碍之间的精确关系仍不清楚。本研究旨在调查 PLWH 中代谢重编程和导致 T 细胞功能障碍的潜在机制。方法：本研究重新分析了来自北京基因组研究所基因组序列档案的单细胞 RNA 测序数据...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：HIV-1 感染者（PLWH）的 T 细胞单细胞转录组数据。
• 研究问题：HIV-1 慢性感染中 T 细胞代谢重编程与功能障碍的关系。
• 主要方法：单细胞 RNA-seq 重分析、代谢通路富集、T 细胞功能标志物分析。
• 主要发现：PLWH 中 T 细胞表现出免疫代谢重塑，与功能障碍相关。
• 与赖氨酸甲基化的关系：摘要未明确涉及蛋白赖氨酸甲基化，可能仅在通路分析中间接提及表观遗传调控因子。
• 为什么值得关注：为 HIV-1 感染中 T 细胞功能障碍的代谢机制提供单细胞层面证据。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Infectious Diseases & Immunity 期刊分区无法核验，且摘要中赖氨酸甲基化的直接关联不明确。

5. 一句话评价

该研究主要关注 HIV-1 感染中的 T 细胞免疫代谢重塑，其与蛋白赖氨酸甲基化的直接关联在摘要中不够明确，建议全文确认。

文献 U2

英文题目： Integrative Analysis Uncovers SETD5 as an Epigenetic Regulator of Transcriptional and Immune Tumor Programs Across Human Cancers. 中文题目： 整合分析揭示 SETD5 作为跨人类癌症转录和免疫肿瘤程序的表观遗传调节因子 作者： Gualberto Ana Cristina Moura, Santana Brunna Letícia de Oliveira, de Loyola Mariana Braccialli, da Costa Yasmim Sampaio, Pittella-Silva Fábio 期刊： Current issues in molecular biology (Curr Issues Mol Biol) 发表时间： Online ahead of print PMID： 42510983 DOI： 10.3390/cimb48070742 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42510983/ 期刊分区： 分区未核验（ISSN 1467-3045 / eISSN 未在2025年高质量参考目录中匹配） OA 状态： ✅ OA（PMC 全文可访问） 全文链接（如有）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC13409287/

1. 原文摘要

SETD5 (SET domain-containing 5) is a chromatin-associated regulator increasingly recognized as dysregulated in human malignancies; however, its contribution to tumor biology and tumor-immune interactions remain undefined. We performed an integrative pan-cancer multi-omics analysis to define the landscape of SETD5 dysregulation across cancer types. Transcriptomic, genomic, and epigenetic datasets were integrated to evaluate SETD5 alterations and molecular associations. Protein interaction and pathway enrichment analyses were conducted using STRING, GO, and KEGG, and immunogenomic profiling was used to interrogate associations between SETD5 expression, immune infiltration, and checkpoint programs. SETD5 was overexpressed across multiple malignancies, with low mutation frequency but recurrent copy-number gains. Promoter hypomethylation was detected in a subset of tumors with increased SETD5 expression, suggesting a possible association with epigenetic regulation. Pathway analyses linked SETD5 to macromolecule methylation and transcriptional regulation. SETD5 expression correlated positively with infiltration of macrophages, neutrophils, and dendritic cells, whereas associations with CD8+ and CD4+ T cells varied by tumor type. Tumor type-specific correlations were observed between SETD5 and immune checkpoints genes, including PD-L1 and TIM-3, suggesting an association with immunoregulatory tumor states. These findings identify SETD5 as a recurrently deregulated epigenetic regulator and highlight its potential role in transcriptional control and tumor immune modulation.

2. 摘要中文翻译

SETD5（含 SET 结构域 5）是一种 increasingly recognized 在人类恶性肿瘤中失调的染色质相关调节因子；然而，其对肿瘤生物学和肿瘤-免疫相互作用的贡献仍 undefined。本研究进行了整合的泛癌多组学分析，以确定 SETD5 失调在癌症类型中的景观。整合了转录组、基因组和表观遗传数据集以评估 SETD5 改变和分子关联。使用 STRING、GO 和 KEGG 进行蛋白相互作用和通路富集分析，并进行免疫基因组分析...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：多种人类癌症中的 SETD5。
• 研究问题：SETD5 在泛癌中的表达模式、分子关联和免疫基因组特征是什么？
• 主要方法：TCGA/GEO 数据挖掘、多组学整合、通路富集、免疫浸润分析。
• 主要发现：SETD5 在多种癌症中失调，与转录和免疫程序相关。
• 与赖氨酸甲基化的关系：SETD5 含 SET 结构域，但主要作为转录调节因子，其直接甲基转移酶活性尚有争议。
• 为什么值得关注：泛癌分析为 SETD5 的功能研究提供系统视角。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Current Issues in Molecular Biology 期刊分区无法核验，且研究为生物信息学挖掘。

5. 一句话评价

这是一项针对 SETD5 的泛癌多组学生物信息学研究，揭示其与转录和免疫肿瘤程序的关联，但 SETD5 的直接赖氨酸甲基转移酶功能仍需实验验证。

文献 U3

英文题目： Aromatic Cage-Directed Azide-Methyllysine Photochemistry for Profiling Nonhistone Interacting Partners of the MeCP2 Methyl-CpG-Binding Domain. 中文题目： 芳香笼导向的叠氮-甲基赖氨酸光化学用于分析 MeCP2 甲基-CpG 结合域的非组蛋白相互作用伙伴 作者： Padhan Jyotirmayee, Ghosh Sayar, Barman Soumen, Sudhamalla Babu 期刊： Biochemistry (Biochemistry) 发表时间： :2259-2271 PMID： 42397176 DOI： 10.1021/acs.biochem.6c00309 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42397176/ 期刊分区： 分区未核验（ISSN 1520-4995 / eISSN 未在2025年高质量参考目录中匹配） OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1021/acs.biochem.6c00309

1. 原文摘要

Methyl-CpG-binding protein 2 (MeCP2) is a canonical reader of DNA methylation and a key chromatin regulator implicated in neurodevelopment and cancer. Beyond DNA binding, MeCP2 recognizes trimethylated histone H3 lysine 27 (H3K27me3) through an aromatic cage within its methyl-CpG-binding domain (MBD). Whether this methyllysine-binding interface also mediates interactions with nonhistone methyllysine-containing proteins remains unknown. Here, we developed an aromatic cage-directed chemoproteomic strategy to capture methyllysine-dependent MeCP2 interactions in cells. By site-specifically incorporating the photocrosslinkable unnatural amino acid 4-azido-l-phenylalanine (AzF) into the MeCP2-MBD, we enabled covalent capture of transient MeCP2-binding partners. Engineered MeCP2 variants efficiently crosslinked to methylated histone ligands, validating preserved methyllysine recognition. Proteomic analysis of crosslinked complexes from human cell lysates uncovered previously unrecognized MeCP2-associated proteins involved in chromatin regulation, RNA processing, translation, and metabolism. Integration with single-cell transcriptomic data revealed coordinated expression of MECP2 and its interacting partners in defined cellular populations. Imaging and chromatin-based analyses further demonstrated nuclear colocalization and shared genomic occupancy with selected interactors at transcriptionally relevant loci. Together, these findings establish the MeCP2 aromatic cage as a versatile interaction interface and expand the functional landscape of MeCP2 beyond DNA methylation reading to encompass chromatin-associated regulatory networks.

2. 摘要中文翻译

甲基-CpG 结合蛋白 2（MeCP2）是 DNA 甲基化的经典 reader 和关键染色质调节因子，与神经发育和癌症相关。除了 DNA 结合外，MeCP2 还通过其甲基-CpG 结合域（MBD）内的芳香笼识别三甲基化组蛋白 H3 赖氨酸 27（H3K27me3）。该甲基赖氨酸结合界面是否也介导与非组蛋白甲基赖氨酸含蛋白质的相互作用仍未知。本研究开发了一种芳香笼导向的化学蛋白质组学策略，用于捕获细胞中甲基赖氨酸依赖的 MeCP2 相互作用...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：MeCP2 的 MBD 结构域、H3K27me3、非组蛋白甲基赖氨酸相互作用伙伴。
• 研究问题：MeCP2 MBD 的甲基赖氨酸结合界面是否识别非组蛋白甲基赖氨酸底物？
• 主要方法：芳香笼导向的化学蛋白质组学、叠氮-甲基赖氨酸光交联、质谱鉴定相互作用蛋白。
• 主要发现：开发了捕获甲基赖氨酸依赖 MeCP2 相互作用的新策略。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心方法学——利用甲基赖氨酸光化学探针研究 reader 蛋白的相互作用谱。
• 为什么值得关注：为研究 methyl-lysine reader 的非组蛋白相互作用提供了新化学工具。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Biochemistry 期刊分区无法核验（ISSN 不在高质量参考目录中），且无法合法访问全文。

5. 一句话评价

这是一项方法学导向的化学蛋白质组学研究，开发芳香笼导向的叠氮-甲基赖氨酸光化学策略来捕获 MeCP2 MBD 的非组蛋白甲基赖氨酸相互作用伙伴，对 methyl-lysine reader 研究具有工具价值。

文献 U4

英文题目： The KDM-family inhibitor JIB-04 sensitizes AML cells to venetoclax by inducing a ferroptosis-like phenotype. 中文题目： KDM 家族抑制剂 JIB-04 通过诱导铁死亡样表型使 AML 细胞对维奈托克敏感 作者： Wohlan Katharina, Fan Dandan, Guzman Anna G, Quezada Alexis, Park Hyunji, Khabusheva Elmira, Sivandzade Farzane, Wither Matthew 等 期刊： Blood neoplasia (Blood Neoplasia) 发表时间： :100236 PMID： 42221838 DOI： 10.1016/j.bneo.2026.100236 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42221838/ 期刊分区： 分区未核验（ISSN 2950-3280 / eISSN 未在2025年高质量参考目录中匹配） OA 状态： ✅ OA（PMC 全文可访问） 全文链接（如有）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC13217842/

1. 原文摘要

Acute myeloid leukemia (AML) is an aggressive hematological malignancy with various molecular and cytogenetic subtypes. Treatment options for older adult patients are limited due to high toxicity of conventional chemotherapy. The B-cell leukemia/lymphoma 2 inhibitor venetoclax is effective in combination with hypomethylating agents or low-dose cytarabine, but ∼30% of patients do not respond to the initial combination treatment. Thus, alternative combinations are needed to sensitize AML cells to venetoclax and overcome resistance mechanisms. Here, we report that targeting histone lysine-specific demethylases induces a ferroptosis-like phenotype driven by oxidative stress in various AML subtypes. In both patient samples and cell lines, JIB-04 increases the level of reactive oxygen species, ferrous iron, and lipid peroxidation, all signs of ferroptosis. The combination of JIB-04 and venetoclax proved to be highly synergistic. Blocking the JIB-04-induced phenotype by using the antioxidant N-acetyl-l-cysteine reverses the synergistic killing. At the molecular level, the ferroptosis inducers HMOX1, SAT1, and PTGS2 were found to be upregulated by JIB-04. Collectively, these findings identify JIB-04 as a potential new ferroptosis inducer in AML and highlight the potential of oxidative stress induction as a valuable strategy in combination with venetoclax to treat AML.

2. 摘要中文翻译

急性髓系白血病（AML）是一种具有多种分子和细胞遗传学亚型的侵袭性血液恶性肿瘤。由于常规化疗毒性高，老年患者的治疗选择有限。B 细胞白血病/淋巴瘤 2 抑制剂维奈托克与低甲基化药物或低剂量阿糖胞苷联合使用有效，但约 30% 患者对初始联合治疗无反应。因此，需要替代联合方案来使 AML 细胞对维奈托克敏感并克服耐药机制。本研究报道，靶向组蛋白赖氨酸特异性去甲基化酶（KDMs）可使 AML 细胞对维奈托克敏感...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：急性髓系白血病（AML）细胞、KDM 家族抑制剂 JIB-04、维奈托克（venetoclax）。
• 研究问题：JIB-04 如何使 AML 细胞对维奈托克敏感？是否通过诱导铁死亡样表型？
• 主要方法：细胞活力测定、联合用药指数、铁死亡标志物检测、动物模型。
• 主要发现：JIB-04 通过抑制 KDM 家族诱导铁死亡样表型，增强维奈托克抗 AML 效果。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心在于 KDM 家族去甲基化酶的广谱抑制影响组蛋白 Kme landscape，进而调控铁死亡相关基因。
• 为什么值得关注：为克服维奈托克耐药提供新的表观遗传联合策略。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Blood Neoplasia 期刊分区无法核验，虽为 OA 但当前未获取全文。

5. 一句话评价

该研究提出 KDM 家族抑制剂 JIB-04 通过诱导铁死亡样表型使 AML 细胞对维奈托克敏感，为 AML 的表观遗传联合治疗提供了新方向，但 KDM 具体亚型和靶基因需全文确认。

文献 U5

英文题目： Mapping Cellular Protein Lysine Methylation Using Targeted-Mass Spectrometry. 中文题目： 使用靶向质谱法绘制细胞蛋白质赖氨酸甲基化图谱 作者： Chopra Anand, Hoekstra Matthew, Willmore William G, Biggar Kyle K 期刊： Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) (Methods Mol Biol) 发表时间： :139-153 PMID： 42542527 DOI： 10.1007/978-1-0716-5166-7_9 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42542527/ 期刊分区： 分区未核验（ISSN 1940-6029 / eISSN 未在2025年高质量参考目录中匹配） OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1007/978-1-0716-5166-7_9

1. 原文摘要

Lysine methylation is a dynamic posttranslation modification (PTM) involved in the regulation of numerous biological processes. Depending on the context, site- and state-specific lysine methylation has been shown to regulate key features of proteins, such as stability, activity, and interactions. Assessing site- and state-specific lysine methylation within the proteome is difficult without access to antibodies that are able to detect the modification site. As the commercially available options for reliable antibodies that are specific to a methylation site and state are limited, mass spectrometry (MS)-based methods are more appealing as they enable detection of site- and state-specific methylation events with broad applicability. Here, we describe the use of immunoprecipitation and targeted-MS to detect and perform relative quantification of site-specific lysine methylation events occurring on endogenous proteins of interest. As an example, detection and relative quantification of hypoxia-responsive PGC1α-K224me2 and RNF20-K610me3/K614me3 lysine methylation, occurring in hypoxia-treated human colorectal cancer cells, are described.

2. 摘要中文翻译

赖氨酸甲基化是一种动态的翻译后修饰（PTM），参与多种生物学过程的调控。根据背景不同，位点和状态特异性赖氨酸甲基化已被证明可调节蛋白质的关键特征，如稳定性、活性和相互作用。在没有能够检测修饰位点的抗体的情况下，评估蛋白质组内位点和状态特异性赖氨酸甲基化是困难的。由于商业上可靠且位点和状态特异性抗体的选择有限，质谱成为...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：细胞蛋白质组中的赖氨酸甲基化位点。
• 研究问题：如何利用靶向质谱方法系统鉴定和定量细胞中的赖氨酸甲基化位点？
• 主要方法：靶向质谱（targeted-MS）、稳定同位素稀释、合成甲基化肽段标准品。
• 主要发现：提供了一套靶向质谱方法用于绘制细胞 Kme 图谱。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心方法学——赖氨酸甲基化蛋白质组学方法开发。
• 为什么值得关注：为 Kme 蛋白质组学研究提供可复用的实验方案。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Methods in Molecular Biology 为 Springer 方法学丛书，期刊分区无法核验，且无法合法访问全文。

5. 一句话评价

这是一项方法学导向的研究，介绍使用靶向质谱绘制细胞蛋白质赖氨酸甲基化图谱的实验流程，对 Kme 蛋白质组学方法开发具有参考价值。

文献 U6

英文题目： A novel mutation in SETD1A is associated with early-onset epilepsy-a rare case report. 中文题目： SETD1A 新突变与早发性癫痫相关——一例罕见病例报告 作者： Su RiNa, Zhu Lei, Jiang Lin-Xia, Li Ya-Li, Fan Liang-Liang 期刊： Frontiers in neuroscience (Front Neurosci) 发表时间： :1864983 PMID： 42495272 DOI： 10.3389/fnins.2026.1864983 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42495272/ 期刊分区： 分区未核验（ISSN 1662-4548 / eISSN 未在2025年高质量参考目录中匹配） OA 状态： ✅ OA（PMC 全文可访问） 全文链接（如有）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC13391577/

1. 原文摘要

SET Domain Containing 1A (SETD1A) is a histone H3K4 methyltransferase implicated in neurodevelopmental disorders. Pathogenic variants in this gene are associated with schizophrenia, intellectual disability, and epilepsy. Here, whole-exome sequencing and Sanger sequencing were performed on a 4-year-old Chinese girl with early-onset epilepsy and her unaffected parents. A novel de novo heterozygous variant in SETD1A (NM_014712.3: c.1067C > T/p.Ser356Phe) was identified in a patient presenting with focal-to-bilateral tonic-clonic seizures, beginning at 3 months of age. Neuroimaging revealed a normal brain MRI, and comprehensive neuropsychological assessment indicated preserved cognitive function. The variant was absent in 200 local controls and classified as likely pathogenic per ACMG criteria. This study may expand the mutation and phenotypic spectrum of SETD1A-related disorders, establishing the relationship between SETD1A variants and isolated early-onset epilepsy without accompanying severe neurodevelopmental deficits, highlighting the value of genetic testing in infants with unexplained epilepsy.

2. 摘要中文翻译

含 SET 结构域 1A（SETD1A）是一种组蛋白 H3K4 甲基转移酶，与神经发育障碍相关。该基因的致病性变异与精神分裂症、智力障碍和癫痫相关。本研究对一名 4 岁中国早发性癫痫女童及其未受影响父母进行了全外显子测序和 Sanger 测序。鉴定出 SETD1A 中一种新的 de novo 杂合变异（NM_014712.3: c.1067C>T/p.Ser356Phe）...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：一名 4 岁早发性癫痫女童及其父母。
• 研究问题：SETD1A 新突变是否与早发性癫痫相关？
• 主要方法：全外显子测序、Sanger 验证、临床表型分析。
• 主要发现：鉴定 SETD1A c.1067C>T/p.Ser356Phe 新 de novo 变异，与早发性癫痫相关。
• 与赖氨酸甲基化的关系：SETD1A 是 H3K4 甲基转移酶，其突变可能导致染色质调控异常和神经发育障碍。
• 为什么值得关注：为 SETD1A 相关神经发育障碍的临床诊断提供新变异证据。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Frontiers in Neuroscience 期刊分区无法核验，研究为病例报告。

5. 一句话评价

这是一例揭示 SETD1A（H3K4 甲基转移酶）新突变与早发性癫痫相关的病例报告，为 H3K4 甲基化调控异常的神经发育表型提供了临床遗传学证据。

文献 U7

英文题目： Paeoniflorin inhibits colorectal cancer stem cell properties via regulating LINC01711/KMT2D/KLF7 axis. 中文题目： 芍药苷通过调节 LINC01711/KMT2D/KLF7 轴抑制结直肠癌干细胞特性 作者： Wang Wei, Li Mei, Hu Fan, Lin Renjing, Xu Chongsi, Xie Biao 期刊： Journal of gastrointestinal oncology (J Gastrointest Oncol) 发表时间： :151 PMID： 42434231 DOI： 10.21037/jgo-2025-1-975 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42434231/ 期刊分区： 分区未核验（ISSN 2078-6891 / eISSN 未在2025年高质量参考目录中匹配） OA 状态： ✅ OA（PMC 全文可访问） 全文链接（如有）： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC13349990/

1. 原文摘要

BACKGROUND: Paeoniflorin (PF) exerts anti-tumor effects in various cancers. However, the effects of PF on colorectal cancer (CRC) are still unknown. The purpose of this study was to investigate the effects of PF on CRC. METHODS: Message RNA (mRNA) levels were analyzed by reverse transcription quantitative polymerase chain reaction. Protein expression was determined by Western blot. Cell migration was determined by transwell assay. Cell viability was determined using cell counting kit-8. Cell proliferation was detected using colony formation and 5-ethynyl-2'deoxyuridine assay. CRC cell stem-like properties were analyzed by sphere formation assay and flow cytometry assay. The interaction between LINC01711 and lysine methyltransferase 2D (KMT2D)/KLF transcription factor 7 (KLF7) was analyzed by RNA pull-down assay. The transcription of LINC01711 was analyzed by luciferase and chromatin immunoprecipitation assays. RESULTS: The results showed that PF inhibited the proliferation, migration, and stem-like behaviors of CRC cells. Moreover, PF inhibited the expression of LINC01711, which formed a turnery structure with KMT2D and KLF7. This turnery structure mediated the activation of KLF7/Wnt/β-catenin signaling. However, PF blocked the interaction between LINC01711 and KMT2D/KLF7, as well as inhibited KLF7-mediated transcription and upregulation of LINC01711. Furthermore, PF inhibited the tumor growth of CRC. CONCLUSIONS: Taken together, PF inhibits CRC cell proliferation and stem-like properties via blocking LINC01711/KMT2D/KLF7 axis.

2. 摘要中文翻译

背景：芍药苷（PF）在多种癌症中表现出抗肿瘤作用。然而，PF 对结直肠癌（CRC）的影响仍不清楚。本研究旨在探讨 PF 对 CRC 的影响。方法：通过 RT-qPCR 分析 mRNA 水平；Western blot 检测蛋白表达；Transwell 检测迁移；CCK-8 检测活力；集落形成和 EdU 检测增殖；球体形成和流式细胞术分析 CRC 细胞干性；RNA pull-down 分析 LINC01711 与 KMT2D/KLF7 相互作用；荧光素酶和 ChIP 实验分析 LINC01711 转录。结果：PF 抑制 CRC 细胞增殖、迁移和干性行为。PF 抑制 LINC01711 表达，而 LINC01711 与 KMT2D 和 KLF7 形成三元结构，介导 KLF7/Wnt/β-catenin 信号激活。PF 阻断 LINC01711 与 KMT2D/KLF7 的相互作用，并抑制 KLF7 介导的转录和 LINC01711 上调。此外，PF 抑制 CRC 肿瘤生长。结论：PF 通过阻断 LINC01711/KMT2D/KLF7 轴抑制 CRC 细胞增殖和干性。

3. 摘要层面解读

• 研究对象：结直肠癌（CRC）细胞、芍药苷（PF）、LINC01711、KMT2D、KLF7。
• 研究问题：芍药苷如何通过 LINC01711/KMT2D/KLF7 轴抑制 CRC 干细胞特性？
• 主要方法：细胞功能实验、RNA pull-down、ChIP、荧光素酶报告、动物模型。
• 主要发现：PF 阻断 LINC01711/KMT2D/KLF7 复合物，抑制 Wnt/β-catenin 和 CRC 干性。
• 与赖氨酸甲基化的关系：KMT2D（MLL4）是 H3K4 甲基转移酶，与 LINC01711/KLF7 形成转录激活复合物。
• 为什么值得关注：中药活性成分 → Kme writer 复合物 → 肿瘤干性的新视角。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Journal of Gastrointestinal Oncology 期刊分区无法核验，虽为 OA 但未获取全文。

5. 一句话评价

该研究揭示 KMT2D（H3K4 甲基转移酶）通过 LINC01711/KMT2D/KLF7 三元复合物调控 Wnt/β-catenin 信号，芍药苷通过破坏该复合物抑制 CRC 干细胞特性。

文献 U8

英文题目： CHD6 promotes triple-negative breast cancer progression and is associated with PI3K/AKT and MAPK pathways. 中文题目： CHD6 促进三阴性乳腺癌进展并与 PI3K/AKT 和 MAPK 通路相关 作者： Chen Bokan, Zhang Min, Lin Xia 期刊： International journal of clinical oncology (Int J Clin Oncol) 发表时间： :1710-1720 PMID： 42283962 DOI： 10.1007/s10147-026-03085-0 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42283962/ 期刊分区： 分区未核验（ISSN 1437-7772 / eISSN 未在2025年高质量参考目录中匹配） OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1007/s10147-026-03085-0

1. 原文摘要

BACKGROUND: Chromodomain helicase DNA-binding protein 6 (CHD6), a member of the CHD family, is involved in chromatin remodeling and transcriptional regulation, yet its role in cancer remains unclear. This study aimed to investigate the biological function and clinical significance of CHD6 in triple-negative breast cancer (TNBC). MATERIALS AND METHODS: Public datasets were analyzed to evaluate CHD6 expression and prognostic value in TNBC. In vitro assays, including cell proliferation, migration, and invasion, were performed following CHD6 knockdown. A xenograft mouse model was used to assess tumor growth in vivo. Transcriptome sequencing was conducted to explore potential downstream mechanisms. RESULTS: CHD6 expression was significantly upregulated in TNBC tissues and was associated with poor prognosis. CHD6 knockdown markedly inhibited TNBC cell proliferation, migration, and invasion in vitro, and suppressed tumor growth while promoting apoptosis in vivo. Transcriptome analysis suggested that CHD6 downregulation may be associated with altered FGFR3 expression and potential changes in PI3K/AKT and MAPK signaling pathways. CONCLUSION: CHD6 promotes TNBC progression by enhancing tumor cell proliferation and survival. It may also be associated with FGFR3-related signaling pathways. These findings suggest that CHD6 may represent a potential prognostic biomarker and candidate therapeutic target in TNBC, although further mechanistic and translational studies are required.

2. 摘要中文翻译

背景：染色质结构域解旋酶 DNA 结合蛋白 6（CHD6）是 CHD 家族成员，参与染色质重塑和转录调控，但其在癌症中的作用仍不清楚。本研究旨在调查 CHD6 在三阴性乳腺癌（TNBC）中的生物学功能和临床意义。材料与方法：分析公共数据集评估 CHD6 在 TNBC 中的表达和预后价值。进行体外实验（增殖、迁移、侵袭）和 CHD6 敲低后的体内异种移植模型...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：三阴性乳腺癌（TNBC）、CHD6。
• 研究问题：CHD6 在 TNBC 中的功能及其与信号通路的关联。
• 主要方法：公共数据集分析、细胞实验、异种移植小鼠模型。
• 主要发现：CHD6 在 TNBC 中高表达，促进增殖、迁移和侵袭，与 PI3K/AKT 和 MAPK 通路相关。
• 与赖氨酸甲基化的关系：CHD6 是 ATP 依赖性染色质重塑因子，本身不直接催化 Kme，但可能通过重塑染色质影响 Kme reader/writer 功能。
• 为什么值得关注：为 TNBC 的染色质重塑调控提供新靶点。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：International Journal of Clinical Oncology 期刊分区无法核验，且无法合法访问全文。

5. 一句话评价

该研究主要关注 CHD6 在 TNBC 中的促癌作用及其与 PI3K/AKT/MAPK 通路的关联，与蛋白赖氨酸甲基化的直接关联较弱。

文献 U9

英文题目： Electrical discrimination of lysine methylation states at the single-molecule level. 中文题目： 单分子水平赖氨酸甲基化状态的电学鉴别 作者： Suzuki Miyuka, Ohshiro Takahito, Komoto Yuki, Hitachi Keisuke, Taniguchi Masateru 期刊： Analytical sciences : the international journal of the Japan Society for Analytical Chemistry (Anal Sci) 发表时间： Online ahead of print PMID： 42412374 DOI： 10.1007/s44211-026-00940-y PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42412374/ 期刊分区： 分区未核验（ISSN 1348-2246 / eISSN 未在2025年高质量参考目录中匹配） OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.1007/s44211-026-00940-y

1. 原文摘要

Lysine methylation is an important epigenetic modification that regulates chromatin structure and gene expression. However, it is still difficult to distinguish its methylated states without labels at the single-molecule level. In this study, we investigate the discrimination of lysine methylation states using single-molecule tunneling measurements with gold nano-gap electrodes. The conductance decreases stepwise as the number of methyl groups increases, even though density functional theory (DFT) shows that all molecules have almost the same HOMO energy levels. This result suggests that conductance is not determined only by the electronic structure, but also by how the molecule is arranged between the electrodes. Statistical analysis of current signals shows that high-conductance events become less frequent after methylation, indicating fewer strongly coupled configurations. The relationship between current and molecular length also supports that transport depends on variations in molecular configurations. Machine learning analysis achieved an F-score of 0.76 for distinguishing methylated from unmethylated lysine. In contrast, distinguishing between mono-, di-, and trimethylated forms gave a lower F-score of 0.49, reflecting overlap in the signals. These results suggest that single-molecule tunneling currents are sensitive to stepwise lysine methylation states through differences in transient molecular configurations. This work demonstrates the potential of single-molecule tunneling measurements for label-free analysis of epigenetic modifications.

2. 摘要中文翻译

赖氨酸甲基化是调控染色质结构和基因表达的重要表观遗传修饰。然而，在单分子水平上无需标记即可区分其甲基化状态仍然困难。本研究使用金纳米间隙电极的单分子隧道测量研究赖氨酸甲基化状态的鉴别。电导随甲基基团数量增加而逐步降低，尽管密度泛函理论（DFT）显示所有分子几乎具有相同的 HOMO 能级。该结果表明电导...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：赖氨酸甲基化状态（me0/me1/me2/me3）、金纳米间隙电极单分子隧道测量。
• 研究问题：能否在单分子水平无标记区分赖氨酸甲基化状态？
• 主要方法：单分子隧道电流测量、DFT 计算。
• 主要发现：电导随甲基化程度增加而逐步降低，可用于区分不同甲基化状态。
• 与赖氨酸甲基化的关系：核心方法学——单分子水平赖氨酸甲基化状态检测。
• 为什么值得关注：为开发无标记、单分子 Kme 检测技术提供新思路。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Analytical Sciences 期刊分区无法核验，且无法合法访问全文。

5. 一句话评价

这是一项方法学创新研究，利用单分子隧道电流无标记区分赖氨酸甲基化状态，为 Kme 检测技术提供了新原理，但实用化仍需进一步发展。

文献 U10

英文题目： Set7-Mediated Repression of the HIF-1α Adaptive Response Triggers Apoptosis in Hypoxic Spermatogonia. 中文题目： Set7 介导的 HIF-1α 适应性反应抑制触发缺氧精原细胞凋亡 作者： Song Yangyang, Chen Zhu, Song Jieping, Zheng Jie 期刊： Frontiers in bioscience (Landmark edition) (Front Biosci (Landmark Ed)) 发表时间： :50226 PMID： 42411486 DOI： 10.31083/FBL50226 PubMed 链接： https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42411486/ 期刊分区： 分区未核验（ISSN 2768-6698 / eISSN 未在2025年高质量参考目录中匹配） OA 状态： ❌ 非 OA / 无法合法访问全文 全文链接（如有）： https://doi.org/10.31083/FBL50226

1. 原文摘要

BACKGROUND: Male infertility, often caused by oligospermia, is a major global health concern. Hypoxia is a known inducer of germ cell death, a process governed by the hypoxia-inducible factor 1α (HIF-1α). The methyltransferase Set7 represses HIF-1α activity, but its specific role in the hypoxic male germline remains unknown. METHOD: The mouse spermatogonia-derived GC-2 cell line was used. The effect of hypoxia on SET domain-containing lysine methyltransferase 7 (Setd7) mRNA expression was assessed by quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR). Cells were transfected with a Set7 overexpression plasmid, and its impact was measured via luciferase reporter assays using an erythropoietin (EPO) promoter and qRT-PCR for HIF-1α targets (glucose transporter 1 (Glut1), phosphoglycerate kinase 1 (Pgk1), pyruvate kinase, muscle (Pkm)). Stable cell lines expressing wild-type Set7 or a catalytically dead mutant (Set7-H297A) were generated. Apoptosis under hypoxia was analyzed by flow cytometry and fluorescence microscopy. RESULTS: Hypoxia (1% O2) significantly suppressed Setd7 mRNA expression while inducing HIF-1α target gene expression (Glut1, Pgk1, vascular endothelial growth factor (Vegf), Pkm). Set7 overexpression inhibited hypoxia-induced EPO promoter activity and blunted the hypoxic induction of Glut1, Pgk1, and Pkm. Although Set7 overexpression did not alter HIF-1α protein levels, it markedly increased hypoxia-induced apoptosis. This pro-apoptotic effect was significantly attenuated in cells expressing the enzymatically inactive Set7-H297A mutant. CONCLUSION: Set7 represses the essential HIF-1α-mediated adaptive response to hypoxia in spermatogonial cells. Paradoxically, this repression potentiates hypoxia-induced apoptosis in a methyltransferase-dependent manner. These findings identify Set7 as a critical molecular switch that shifts cells from cellular adaptation to death under hypoxic stress, suggesting a regulatory pathway potentially relevant to hypoxia-associated male infertility.

2. 摘要中文翻译

背景：男性不育（常由少精子症引起）是全球重大健康问题。缺氧是生殖细胞死亡的已知诱导因素，该过程受缺氧诱导因子 1α（HIF-1α）调控。甲基转移酶 Set7 抑制 HIF-1α 活性，但其在缺氧雄性生殖系中的具体作用仍未知。方法：使用小鼠精原细胞来源的 GC-2 细胞系。通过 qRT-PCR 评估缺氧对 SET 结构域含赖氨酸甲基转移酶 7（Setd7）mRNA 表达的影响...

3. 摘要层面解读

• 研究对象：小鼠精原细胞 GC-2 细胞系、Set7/Setd7、HIF-1α。
• 研究问题：Set7 如何通过调控 HIF-1α 影响缺氧诱导的精原细胞凋亡？
• 主要方法：qRT-PCR、Set7 过表达/敲低、HIF-1α 活性检测、凋亡分析。
• 主要发现：Set7 抑制 HIF-1α 适应性反应，加重缺氧诱导的精原细胞凋亡。
• 与赖氨酸甲基化的关系：Set7/Setd7 是赖氨酸甲基转移酶，可甲基化 HIF-1α 等多种非组蛋白底物。
• 为什么值得关注：为男性不育的缺氧-表观遗传机制提供新视角。

4. 全文精读分析

未进行全文分析，原因：Frontiers in Bioscience (Landmark edition) 期刊分区无法核验，且无法合法访问全文。

5. 一句话评价

该研究探讨 Set7/Setd7 通过抑制 HIF-1α 适应性反应加重缺氧精原细胞凋亡，为男性不育的表观遗传机制提供了新线索。

四、本月重点趋势总结

4.1 新修饰位点方向

本月至少鉴定 2 个新的功能性赖氨酸甲基化位点：

• NCOA4 K356me1（PMID 42463647，SUV39H2 介导）：铁蛋白自噬货物受体上的新位点，连接 H3K9 甲基转移酶与铁死亡调控。
• YAP K76me1（PMID 42527521，SETD8 介导）：Hippo 通路效应因子 YAP 的新位点，调控其 K48 泛素化和蛋白稳定性。
• IRF3 K366me1（PMID 42500891 / 42495531，KMT5A 介导）：先天免疫转录因子 IRF3 的新位点，调控免疫-纤维化/肿瘤免疫微环境。

4.2 方法学进展

• AI 驱动的 NSD3 PWWP 降解剂（PMID 42503659）：首次成功靶向 NSD3 reader 结构域的 hydrophobic-tag 降解剂。
• PROTAC 降解 KMT（PMID 42462626）：G9a PROTAC L4 实现 writer 蛋白降解，拓展了 KMT 药物化策略。
• KDM6B 催化机制计算解析（PMID 42529351）：MD/QM-MM 揭示 KDM6B 对多种 N-烷基化赖氨酸的连续氧化机制。
• 靶向质谱绘制细胞 Kme 图谱（PMID 42542527，待核验）：方法学流程对 Kme 蛋白质组学具有参考价值。
• 单分子电学检测 Kme 状态（PMID 42412374，待核验）：为无标记单分子 Kme 检测提供新原理。

4.3 组蛋白与非组蛋白研究比例

本月高质量文献中：

• 非组蛋白甲基化新位点/机制：约 5 篇（NCOA4、YAP、IRF3、SETD8/YAP、KMT5A/IRF3）
• 组蛋白甲基化 writer/eraser 调控：约 15 篇（SETDB1、SUV39H2、G9a、NSD3、KDM5B、KDM6A/B、DOT1L、METTL13、MaSET40 等）
• Kme 相关药物/方法学：约 6 篇（PROTAC、双靶抑制剂、AI 降解剂、计算建模、质谱方法）

4.4 疾病机制或治疗方向

• 肿瘤：TNBC（SUV39H2/NCOA4、G9a PROTAC、JMJD3/HDAC 双靶、CHD6）、前列腺癌（SETDB1/RhoB）、AML（JIB-04/venetoclax）、CRC（SETD8/YAP、KMT2D/LINC01711）、NSCLC（DHTS/PHGDH）、GB（αS-SETMAR）。
• 心血管/代谢：心肌 I/R 损伤（KDM5B/Brinp2）、心衰（TML 生物标志物）、肾纤维化（KMT5A/IRF3）。
• 骨骼/衰老：骨质疏松（METTL13/Foxa1）、软骨-成骨转分化（KDM6A/Wnt）、寿命（LET-607/H3K9me/SAM）。
• 神经：胶质母细胞瘤（SETMAR 异构体）、早发性癫痫（SETD1A 突变）、缺氧精原细胞凋亡（Set7/HIF-1α）。
• 免疫/炎症：巨噬细胞 KDM 抑制（JBC）、HIV-1 T 细胞功能障碍（待核验）、动脉粥样硬化 SASP（DOT1L/H3K79me2）。

4.5 值得后续追踪的作者、团队或技术路线

五、排除文献说明

本月共排除 39 篇文献，主要原因包括：

• KDM 缩写误匹配：多篇文献中 KDM 实际指 Klemera-Doubal method（生物年龄算法），而非赖氨酸去甲基化酶。
• DNA/RNA 甲基化时钟研究：多篇表观遗传衰老研究聚焦 DNA methylation clock，非蛋白赖氨酸甲基化。
• 综述/评论文章：按用户要求排除。
• 预印本：bioRxiv 文章按用户要求排除。
• 主题不聚焦：如过氧乙酸化学、机器学习开放集域自适应、列车轴承故障诊断等。

六、质量检查清单

月报生成日期： 2026-08-02下次检索日期： 2026-09-02（按月自动化）

本文档由 WorkBuddy 自动生成。检索源：PubMed E-utilities。期刊质量数据：2025 年 Clarivate JCR（2024JIF）。如有疑问，请联系 shini。