蛋白-小分子结合 SPR 文献检索汇总（10 篇）

检索日期：2026-08-17检索目的：收集蛋白（protein/enzyme）与小分子（small molecule/compound/inhibitor）之间 SPR 结合测定的高质量文献，用于：

1. 参考小分子 SPR 实验设计（固定方式、浓度梯度、拟合模型、弱/强结合处理）
2. 为论文中 SPR 方法学部分提供引用支撑
3. 查看真实传感曲线，验证不同浓度动力学趋势

一、检索与筛选说明

• 本地 Zotero 检索：已先行检索本地 Zotero 库（关键词 "surface plasmon resonance small molecule"），命中 9 条但均为抗体/蛋白工程类文献，未检索到蛋白-小分子 SPR 直接相关文献，故转入 PubMed 网络检索。
• PubMed 检索式（2026-08-17 执行）：
• 共命中 137 篇（合并去重），经 ISSN/eISSN 匹配「2025 年高质量杂志参考目录」+ 主题筛选（排除肽/抗体/核酸适配体类），精选 10 篇。
• 其中 4 篇有 PMC 开放全文，SPR 方法学细节已逐条从全文 XML 核实；6 篇无 PMC，SPR 信息以 PubMed 摘要为准（标注"摘要确认"）。

二、10 篇总览

• 期刊质量：数据来自 2025 年「高质量杂志参考目录」（含 2024 JIF，2025 年由 Clarivate 发布），经 ISSN/eISSN 精确匹配；以上 10 篇全部命中，按照用户要求判断为高质量杂志（Q1/Q2）。

三、逐篇详细说明

A. 赖氨酸甲基化 / 表观遗传靶点（与课题最相关）

1. KTX-1001 × NSD2 SET domain — J. Biol. Chem. 2025（PMC 全文核实）

• 完整引用：Characterization of the activity of KTX-1001, a small molecule inhibitor of multiple myeloma SET domain using surface plasmon resonance. J. Biol. Chem. 2025.
• SPR 方法学（全文核实）：采用双格式策略：
• 关键细节：数据均经 double-referencing + 溶剂校正（solvent correction）；黑线为 1:1 Langmuir 拟合；图注明确 "Data are representative replicates of triplicate (A–B) or duplicate (C–F) measurements"。
• 参考价值：① 小分子 SPR 常见"非特异结合"问题的识别与反向固定解决策略；② "代表性重复"的呈现惯例；③ NSD2/MMSET 与 Kme 课题直接相关。
• 传感曲线：正文图 "KTX-1001 binding to immobilized NSD2 SET domain by SPR"。
• 链接：https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12284498/

2. G9a 抑制剂 16g — Eur. J. Med. Chem. 2025（摘要确认）

• 完整引用：Discovery of potent substrate-type lysine methyltransferase G9a inhibitors for the treatment of sickle cell disease. Eur. J. Med. Chem. 2025.
• SPR 信息：摘要明确 "Kinetic studies using surface plasmon resonance (SPR) analysis suggested that compound 16g interacts with G9a via a unique binding mode, as indicated by the markedly higher dissociation constant (KD) compared to those of compounds 8 and 9."——用 SPR 动力学区分了不同化合物的结合模式。
• 参考价值：SPR 用于系列化合物（SAR 语境）的 KD 比较，G9a 为赖氨酸甲基转移酶，与 Kme 课题直接相关。
• 链接：https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2025.117721

3. PRMT5 抑制剂 17 — J. Med. Chem. 2017（摘要确认）

• 完整引用：Potent, Selective, and Cell Active Protein Arginine Methyltransferase 5 (PRMT5) Inhibitor Developed by Structure-Based Virtual Screening and Hit Optimization. J. Med. Chem. 2017;60(14):6289-6307.
• SPR 信息：摘要明确 "The direct binding of 17 to PRMT5 was validated by surface plasmon resonance experiments, with a Kd of..."（Kd 数值被摘要截断，详见全文）。
• 参考价值：SPR 作为虚拟筛选后结合验证的金标准；PRMT5 属甲基转移酶家族（精氨酸甲基化），与课题甲基化方向相关。
• 链接：https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.7b00587

B. 获批药物 SPR 表征（经典范例）

4. idelalisib × PI3Kδ — J. Biol. Chem. 2015（PMC 全文核实）

• 完整引用：Structural, biochemical, and biophysical characterization of idelalisib binding to phosphoinositide 3-kinase δ. J. Biol. Chem. 2015;290(13):8439-8446.
• SPR 方法学（全文核实）：Biacore 平台，生物素化 p110δ 捕获于 neutravidin 表面；传感图（Fig. 4A）显示特异、饱和、剂量依赖性结合；同一表面 30 nM 重复进样两条曲线完美重叠，证明捕获蛋白稳定性；Rmax 刻意控制在个位数 RU 以最小化**质量转移（mass transport）**影响。
• 参考价值：① 获批药物的标准 SPR 表征范式；② "重复进样叠加验证表面稳定性"的写法；③ 小分子 SPR 控制 Rmax/质量转移的方法学要点。
• 传感曲线：Fig. 4A。
• 链接：https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4375495/

5. tepotinib × MET — J. Biol. Chem. 2023（PMC 全文核实）

• 完整引用：Biophysical and structural characterization of the impacts of MET phosphorylation on tepotinib binding. J. Biol. Chem. 2023;299(12):105328.
• SPR 方法学（全文核实）：SPR 测定亲和力与动力学参数（表格 "Affinity and kinetic interaction parameters determined by SPR"），研究 MET A-loop 磷酸化（Y1234/Y1235）及突变对 tepotinib 结合/驻留时间（residence time）的影响。
• 参考价值：SPR 用于结合机制研究（磷酸化状态如何改变 off-rate 与驻留时间），展示 SPR 动力学参数的生物学解读。
• 传感曲线：正文图（SPR 动力学数据 + 晶体结构联用）。
• 链接：https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10654029/

C. 现代药物发现流程（FBDD / DEL + SPR）

6. Keap1–Nrf2 非共价抑制剂 — J. Med. Chem. 2022（摘要确认）

• 完整引用：Development of Noncovalent Small-Molecule Keap1-Nrf2 Inhibitors by Fragment-Based Drug Discovery. J. Med. Chem. 2022;65(19):12682-12702.
• SPR 信息：2500 片段经 FP + TSA + SPR 三种正交方法筛选，STD NMR 验证，得 28 个高优先级 hits。
• 参考价值：SPR 在 FBDD 多方法正交验证中的角色定位（片段筛选常用组合）。
• 链接：https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.2c00830

7. p47phox–p22phox PPI 片段 — J. Med. Chem. 2020（摘要确认）

• 完整引用：Developing Inhibitors of the p47phox-p22phox Protein-Protein Interaction by Fragment-Based Drug Discovery. J. Med. Chem. 2020;63(9):4696-4707.
• SPR 信息：FP + TSA 筛选 2500 片段，SPR 验证，得 8 个 hits，KD = 400–600 μM（典型片段级弱结合，SPR 擅长定量此类弱亲和力）。
• 参考价值：SPR 定量弱结合（数百 μM）的能力——印证 SPR 动态范围宽，适合片段筛选场景。
• 链接：https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.9b01492

8. WDR91 首个小分子配体 — J. Med. Chem. 2023（摘要确认）

• 完整引用：Discovery of a First-in-Class Small-Molecule Ligand for WDR91 Using DNA-Encoded Chemical Library Selection Followed by Machine Learning. J. Med. Chem. 2023;66(23):16190-16208.
• SPR 信息：DEL 筛选 + 机器学习预测后，SPR 确认化合物 1 的结合，KD = 6 ± 2 μM。
• 参考价值：SPR 作为 DEL/ML 命中最终验证手段；WDR91 为 WD40 重复蛋白（含类似 Cbx 的 reader 结构域语境）。
• 链接：https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.3c01471

D. 机制研究（诱导契合 / 变构）

9. Furin 抑制剂（诱导契合）— ACS Chem. Biol. 2022（PMC 全文核实）

• 完整引用：Dichlorophenylpyridine-Based Molecules Inhibit Furin through an Induced-Fit Mechanism. ACS Chem. Biol. 2022;17(4):816-827.
• SPR 方法学（全文核实）：因化合物与 furin 结合极紧密，采用**单循环动力学（Single-Cycle Kinetics, SCK）**测定 off-rate；koff = (1.8 ± 0.6)×10⁻⁴ s⁻¹、驻留时间 τ = 92 min（化合物 1）；hexa-d-Arg 作为快速解离对照。传感图（Fig. 2C,D）：彩线 = 实验数据，黑线 = 曲线拟合。
• 参考价值：① SCK 用于紧密结合体系的标准做法（呼应上一轮"单循环无需重复浓度"的论点）；② 传感图"实验数据 vs 拟合"的呈现格式。
• 传感曲线：Fig. 2C,D + Table S3。
• 链接：https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9016704/

10. C 型凝集素变构抑制 — J. Am. Chem. Soc. 2018（摘要确认）

• 完整引用：Allosteric Inhibition of a Mammalian Lectin. J. Am. Chem. Soc. 2018;140(41):13159-13163.
• SPR 信息：筛选鼠源 langerin（C 型凝集素受体）的小分子效应物，hits 经 SPR + 酶联凝集素实验双重验证。
• 参考价值：JACS 级文章将 SPR 用于"难以成药"靶点（糖结合蛋白）的小分子命中验证；变构结合的小分子 SPR 案例。
• 链接：https://doi.org/10.1021/jacs.8b08644

四、方法学要点提炼（对 SPR 实验设计与论文写作的参考）

五、传感曲线查看操作指引

六、重要说明

• 数据来源：PMID/DOI/PMC 均经 PubMed E-utilities + NCBI ID Converter 双重核实（修正了初版解析中 4 条 DOI/PMC 错误）；4 篇 OA 文章的 SPR 方法学提取自 PMC 全文 XML 原文，未做推测。
• PRMT5 篇 Kd 数值：摘要截断（"Kd of 0.xx"），如需精确数值请查全文。
• KTX-1001 篇提示：该文 SPR 部分同时包含"小分子流动相非特异结合（阴性）"与"反向固定特异结合"两个结果——若你的 SPR 数据也出现非特异/阴性情况，这篇是极佳的方法学参考。
• 若需要，可将其中某几篇的传感图截图/细节进一步展开，或按靶点类型（如全部甲基转移酶）扩充检索。